色谱柱长度选择的基本原则:
色谱柱越长，柱效越高。
选择可以满足分离度要求的短的柱子。
如果即使是长规格的色谱柱依然无法满足分离度的要求，请考虑更换固定相或相比。
分离度和柱长的平方根成正比，两倍的柱长只能增加40%的分离度。
标准柱(25-30m):标准柱长，满足大部分应用。
短柱(5-15m):通常用于10个组份以下简单样品的快速分析。
长柱(50m以上):复杂样品分析。
要注意极性的使用温度，柱温不能超过使用温度。
固定相按极性相似的原则选择。
色谱柱的内径大小、长度都能影响分离率。一般而言，内径越小，长度越长，分离效果越好，一般柱长为1m-5m (毛细管柱则20m-100m)。
填充剂颗粒一般采用40月-60目，60目-80目及80目-100目大小。长柱子宜用粒度大些的，以减少柱压降，短柱子则用粒度细的。
气相色谱中固定液的含量对分离效率的影响较大。一般采用固定液与载体重量之比为15:100-25:100。 采用高灵敏度的检测器，由于进样量减少，固定液含量可以降至5:100以下。这样可以使用较低柱温，从而提高柱效，缩短分析时间。但固定液用量太少会引起吸附。