手持式光谱仪在实际工作中被测量的样品，往往其成份是由多种元素组成，除待测元素以外的元素统称为基体。由于被测量的样品中，其基体成份是变化的（这个变化一是指元素的变化，二是指含量的变化），手持式光谱仪直接影响待测元素特征X射线强度的测量。换句话说，待测元素含量相同，由于其基体成份不同，测量到的待测元素特征X射线强度是不同的，这就是基体效应。基体效应是X射线荧光定量分析的主要误差来源之一。基体效应是个无法避免的客观事实，其物理实质是激发（吸收）和散射造成特征X射线强度的变化，除待测元素外，基体成份中靠近待测元素的那些元素对激发源的射线和待测元素特征X射线产生光电效应的几率比轻元素（在地质样品中一些常见的主要造岩元素）的几率大得多，也就是这些邻近元素对激发源发射的X射线和待测元素的特征X射线的吸收系数比轻元素大得多；轻元素对激发源放出的射线和待测元素的特征X射线康普顿散射几率比重元素大得多。

　　手持式光谱仪的定性分析是指：由于各种元素的原子结构不同，在光源的作用下都可以产生自己特征的光谱。如果一个样品经过激发摄谱在感光板上有几种元素的谱线出现，就证明该样品中有这几种元素。这样的分析方法就叫做光谱定性分析方法。

　　手持式光谱仪用于定性分析方法有比较光谱分析法：这种方法应用比较广泛，它包括标准试样比较法和铁谱比较法。标准样品比较法一般适用于单项定性分析及有限分析。铁谱比较法它不但可以做单项测定还便于做全分析。手持式光谱仪谱线波长测量法：光谱分析仪器利用谱线波长测量法进行定性分析是先测出某一谱线的波长，再查表确定存在的元素，这种方法在日常分析中很少使用，一般只是在编制谱图或者做仲裁分析时才用。