食品在存放过程中会发生一系列的物理化学变化，不适宜的存放条件可能使食物被微生物、外来化学物质污染或者发生自身化学反应，影响食物的风味甚至危害人体健康。例如真菌在食物的生产过程中(比如啤酒酿造、奶酪生产)起着积极作用，但是在食物的存放过程中也会对食物产生消极影响，特别是在温暖潮湿的环境下会快速繁殖产生生物毒素。因此其早期的快速实时检测发现就尤为重要。利用离子迁移谱来检测芝士表面菌群生长前后的挥发性成分来判断是否被污染。在真菌生长前IMS检测到保留时间0.8、4.0.8.3min处有明显信号峰，真菌生长后则4.0、8.3min处的信号峰消失，0.8min处的信号峰强度显著降低，而在1.0、13.5、20.5min处出现新的真菌代谢产物信号峰，推测是由于真菌生长导致芝士原本挥发性成分的稀释。结果表明离子迁移谱可用于控制有益菌的生长，检测有害菌的代谢产物。肉类在存放过程中同样会被细菌降解形成一些具有致癌作用的生物胺。

用离子迁移谱直接检测鸡肉汁中的三甲胺，方法检测限为 (0.6+0.2) ng，结果显示，存放天数不同、损坏程度不同的肉汁能被仪器快速区分出来。常用的2，4，6-TCA检测方法是先收集样品，再用离子迁移谱检测，检测限通常在1-100ng/L，食物中的多不饱和脂肪酸(PUFAs)，比如二十碳五烯酸(EPA)和二十二碳六烯酸(DHA) ，对人类健康有益。但其化学性质很不稳定容易受氧气、温度、光照和一些离子 (Cu、Fe等)的影响发生氧化反应而出现不良气味目影响食物口感。用顶空自动进样、离子迁移谱联用的方法，对四种口味的牛奶和一种亚麻籽油中的脂肪酸氧化状况进行实时检测。毛细管柱连接在自动进样器和离子迁移谱中间，起到初步分离挥发性物质的作用。结果显示，装置能快速有效地检测到己醛、丁酮、丙酮、二甲基硫醚等主要的脂肪酸降解产物，检测限在0.3-3.0g/L之间。进一步分析检测不同温度、氧气和光照条件下各样品存放36d内的变化，发现光对牛奶中脂质的氧化作用影响最大，而温度则对亚麻油中脂质的影响最大。