1. 灭菌器应安装在手术洁净区，并与四周墙体保持足够距离（一般大于10m）。同时，灭菌器应置于水平地面上，距离墙壁10公分左右，以利通风散热。

2. 灭菌前须将灭菌对象清洁、充分干燥。因为过氧化氢的穿透力很弱，液态水会阻碍过氧化氢与器械表面接触，造成灭菌失败。

3. 某些物品不能使用低温等离子灭菌，如带盲端的细长导管、长度大于2m或内径小于1mm的管腔类器械、植物纤维制品、液体、油剂及粉末等。

4. 包装须使用专用包装袋或聚丙烯无纺布，不可重复使用。包装时应减少或停止使用额外材料（底层防护垫、器械保护套），否则会影响灭菌效果。

5. 灭菌物品的放置应有利于过氧化氢的穿透，不可堆叠。并且，灭菌物品必须充分干燥。

6. 灭菌时的关键参数主要是温度（45-55度之间）、时间（一次循环约32分钟，二次循环约45分钟）以及灭菌舱内等离子的浓度（6毫克/L）。

7. 灭菌结束后，取出物品时应注意安全，避免过氧化氢残留对皮肤造成伤害。

此外，还需要注意过氧化氢的储存条件，应储存于通风良好、干燥阴凉、温度低于25℃的环境，并远离可燃物、重金属、催化金属化合物、热源、火源等。