用福尔马林固定组织会导致RNA-RNA和RNA-蛋白质的交联，这会影响RNA在酶学分析中的性能。FFPE样本固定和包埋同样会导致核酸的严重片段化。RNeasy FFPE Kit提供了*的裂解和孵育条件来逆转福尔马林对RNA的修饰。裂解缓冲液能使RNA从FFPE组织样本中有效释放，并防止进一步的RNA降解。经优化的条件能纯化得到所有可用的RNA，使用RNeasy FFPE Kit从FFPE样本中得到的RNA的产量比其他方法更高。

整个RNeasy FFPE操作流程可在85分钟内完成（参见"RNeasy FFPE procedure"）。使用蛋白酶K裂解样本仅需15分钟。裂解后，样本在80ºC下孵育15分钟。之后，用DNase处理能有效去除样本中的基因组DNA，包括小的DNA/片段。后，使用RNeasy MinElute离心柱即可收集纯化的RNA，洗脱体积14–30 µl。

RNeasy FFPE Kit可纯化FFPE 样本中所有大于70 nt RNA，得到适用于RT-PCR等众多下游应用的RNA/片段。但是，从FFPE样本中纯化得到的RNA会严重片段化，不能用于需要完整RNA的下游应用。如果使用片段化RNA可能需要做些修饰（例如在RT-PCR时设计小的扩增子）。进行cDNA合成时，不能使用oligo-dT引物，而要使用随机或基因特异性引物。