生产型制备液相色谱系统可以用于药物类产品的生产（天然产物类原料药、发酵类药物、多肽类药物等）；医药中间体和化工中间体；食品添加剂行业；多肽蛋白分析等。

发酵液是组成非常复杂的体系，含有微生物细胞、代谢产物、未消耗的培养基等。传统的工艺路线中用离心法和板框过滤，滤液质量差，可溶性蛋白、糖类、多肽、色素等杂质均不能被有效去除，增加后续工艺的处理负荷，影响提取工艺的整体收率，也影响了最终的产品质量;而传统的固定床树脂工艺，树脂用量大，酸碱水消耗高，成本高，环保压力大。生产中的典型工艺。

生产型制备液相色谱系统多肽蛋白分析实例：脱氢睾丸激素、腺(嘌呤核)苷、缩二氨酸、抗菌素、糖肽、人胰生长激素、胰蛋白酶抑制剂、β-乳球蛋白、尿酸、免疫球蛋白、类叶红素、人胰岛素B链、赖氨酸、苏氨酸、色氨酸、苯丙氨酸等产品的分离纯化。

生物工程的各个分支：基因工程、细胞工程、酶工程和发酵工程中，蛋白质、多肽、核酸等生物大分子的分离和纯化，由于这些生物大分子在分子量、疏水性、热稳定性、化学稳定性、反应性能等方面，不同于小分子和中等分子量的化合物，不能用常规的分离技术来分离这些生物大分子。