MC是一种单环七肽物质，具有明显的肝细胞毒性。由于多肽中两种可变氨基酸组成的不同，具有多种异构体。其中存在最普遍、含量最多的是MC-LR，MC-RR，MC-YR这3种微囊藻毒素（L、R、Y分别代表亮氨酸、精氨酸和酪氨酸）。国内外研究最多的主要是MC-LR和MC-RR。MC的毒性和其结构相关，Adda是表达MC毒性性的必需基团。研究表明，MC-LR的急性毒性*，MC-YR次之，MC-RR最弱。 

MC单环结构分子量在900~1100道尔顿，是水体中最常见的一种蓝绿藻毒素。一般结构为环（D-丙氨酸-L-X-赤-β-甲基-D-异天冬氨酸-L-Z-Adda-D-异谷氨酸-N-甲基脱氢丙氨酸）。分子上1位是Ala-右旋-丙氨酸；2，4位上的X和Z分别代表不同的氨基酸；3位上是MeAsp-D-赤-β-甲基天冬氨酸；5位上是（2S，3S，8S，9S）-3-氨基-9-甲氧基-2，6，8-3甲基-10-苯基-4，6-二烯酸，简称Adda；6位上是Glu-异谷氨酸；7位上是Mdha-N-甲基脱氢丙氨酸或Dha-脱氢丙氨酸。其中，Adda（3-氨基-9-甲氧基-2，6，8-三甲基-10-苯基-4，6-二烯酸，3-amino-9-methoxy-2，6，8-trim ethyl-10-phenyldeca-4，6-dieno ic acid）是一种特殊的氨基酸，是毒素活性表达所必需基团；R1和R2在不同的微囊藻毒素变体中代表不同的L-氨基酸，并以此为该毒素命名。在已发现的MCs异构体中，最常见且已商业化提取的是MC-LR、MC-YR、MC-RR、MC-LF、MC-LW，L、R、Y、F、W分别代表亮氨酸、精氨酸、酪氨酸。