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过氧化氢杀菌是通过氧化作用进行的，但是在进行氧化杀菌的同时，不可避免会带来对材料的腐蚀性。

制药企业中，过氧化氢对材料腐蚀性的表现，不同的材料对过氧化氢的氧化型抵御能力是不同的，而在制药中由于生产工艺复杂，不同的灭菌介质不同材料呈现效果不同的腐蚀性。
过氧化氢的腐蚀性相较于过氧乙酸，二氧化氯等较小一些，但对一些材料也有腐蚀性，其中最有代表性的材料如彩钢板，镀锌板，因为这两款材质都易受到过氧化氢的腐蚀。且表现不同。

1) 彩钢板
彩钢板是药企的“标配”，过氧化氢对彩钢的腐蚀形成的原因大体可以总结如下：首先过氧化氢对彩钢板的钢不会形成腐蚀，其次，过氧化氢对彩钢板的腐蚀性主要是对彩钢板表面的油漆层有了腐蚀作用，彩钢板质量的一个重要的衡量指标就是油漆层的致密性，越密的越好，这点对于过氧化氢的腐蚀尤其重要。过氢化氢对彩钢板的腐蚀是由于过氧化氢进入了钢板和油漆层的头缝，在分解形成水和氧气过程中，造成油漆层起泡和脱落。
2)镀锌板
镀锌板主要用于高效的管道中，类似彩钢板，过氧化rnc 不会对板体腐蚀，但是会氧化掉板上的涂层(电镀工艺)，该层涂层很薄，因此会被过氧化氢*渗透，从而消失，其表象为镀锌板的褪色。

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在针对于细菌芽孢、真菌（霉菌）和孢子等高抗性微生物污染时，需要用到高效消毒剂（传统消毒方式主要有含氯消毒剂、过氧乙酸、过氧化氢等成分），但这同时带来一个难题——腐蚀性问题。因为多数的消毒剂，特别是氧化性消毒剂都具有一定或较高的腐蚀性，对现场的设备或材料的状态和寿命有较大的影响。