全自动索氏提取仪是利用溶剂回流和虹吸原理，使固体物质每一次都能为纯的溶剂所萃取，所以萃取效率较高。萃取前应先将固体物质研磨细，以增加液体浸溶的面积。然后将固体物质放在滤纸套内，放置于萃取室中。如图安装仪器。当溶剂加热沸腾后，蒸汽通过导气管上升，被冷凝为液体滴入提取器中。当液面超过虹吸管高处时，即发生虹吸现象，溶液回流入烧瓶，因此可萃取出溶于溶剂的部分物质。就这样利用溶剂回流和虹吸作用，使固体中的可溶物富集到烧瓶内。
 

　　全自动索氏提取仪测定脂肪时应该注意的事项：
 

　　(1)样品应干燥后研细，装样品的滤纸筒一定要紧密，不能往外漏样品，否则重做。
 

　　(2)放入滤纸筒的高度不能超过回流弯管，否则C₂H₅OC₂H₅不易穿透样品，脂肪不能全部提出，造成误差。
 

　　(3)碰到含多量糖及糊精的样品，要先以冷水处理，等其干燥后联通滤纸一起放入提取器内。
 

　　(4)提取时水浴温度不能过高，一般使C₂H₅OC₂H₅刚开始沸腾即可(约45℃左右)。回流速度以每8-12次/时为宜。
 

　　(5)所用C₂H₅OC₂H₅必须是无水C₂H₅OC₂H₅，如含有水分则可能将样品中的糖以及无机物抽出，造成误差。
 

　　(6)用于样品测定脂肪，可按下式计算原来样品脂肪的含量：脂肪(﹪)=( W1-W0)/W*(100-A)。
 

　　(7)将提取瓶放在烘箱内干燥时，瓶口向一侧倾斜45℃放置使挥发物C₂H₅OC₂H₅易与空气形成对流，这样干燥迅速。
 

　　(8)样品及醚提出物在烘箱内烘干时间不要过长，因为一些很不饱和的脂肪酸，容易在加热过程中被氧化成不溶于C₂H₅OC₂H₅的物质；中等不饱和脂肪酸，受热容易被氧化而增加重量.在没有真空干燥箱的条件下，可以在100-105℃干燥1.5-3小时。