对液相色谱系统的故障逻辑推理是快速纠正系统故障的关键，某些一目了然的故障，如接头漏了，紧紧螺丝就可以了。有些故障一时难以判断，如峰拖尾的问题，可能一时找不准原因。遵循有规则的模式解决问题十分重要，而不是漫无目标的逐一检查每一个部件。
    1)粗看一遍，首先，故障发生后要对系统做一次快速的检查。沿着流动相存储器经系统到废液出口，整个流路看一遍就可能发现问题所在：泵的入口处有无气泡、接头口是否渗漏、压力是否正常、还有没有其他反常现象？其次，确定所设定的条件是否合适：检查流动相、流速、压力、色谱柱类型、检测器和记录仪、调整这些方面对方法的适应性。进行这两步检查仅需一两分钟时间，却能够做到事半功倍。
    2）系统的变化  例如，开机后进行过维修、更换过零部件，加入了新流动相、分析过特殊样品，改变过方法，甚至停过电等。如有其他操作人员在实验室中可询问一下仪器是否发生过变化，zui后认真归纳系统发生的每个变化，就能解决许多问题
    3）对照参比条件  系统如果出了问题在色谱图上都会有反应，再做一次试验参考色谱图，如果参考色谱图没有问题，就可以考虑是否样品出了问题；如果参考色谱图有问题，那么系统就有了问题。也有些问题不能在色谱图中反映出来，如压力变化，这时应弄清流动相及其流速是否有误，不必再做参考实验参考色谱图。
   4）逐步分析并解决问题   如果上诉尝试都无效，可将系统一次做一种变化，并同时记录。变化无效的一般无问题，有效的应做上记号，然后根据实际情况，调换部分或整个部件。