对于许多高级诊断系统和应用而言，显微镜系统不可缺失。每项应用都可能需要不同类型的显微镜，最常见的包括立体显微镜和倒置显微镜。立体显微镜是使用入射光照明进行检测的光学显微镜。显微镜提供广泛的放大选择，而显微镜型号则还备有各种如变焦能力及可互换物镜的额外功能。倒置显微镜会将物镜和传感器位置翻转到样本下方，对于关键特征和细胞位于孔底部的细胞分析、孔板检查或有盖培养皿检查而言非常重要。若样本最好是从底部成像，以便减少通常由浸渍介质引起的球面像差和色像差，则倒置显微镜很有用。显微镜系统非常适用于对通过肉眼无法轻松发现的微小特征或缺陷进行分析。

爱特蒙特光学还提供由行业顶尖制造商（包括Mitutoyo与Olympus）制造的显微镜和倒置显微镜。Mitutoyo FS70检测显微镜与Mitutoyo远场校正物镜兼容。Olympus显微镜可提供适用于各种应用和系统空间的多种接口配置。爱特蒙特光学也提供各种显微镜配件，包括相机及振动隔离平台，以最大限度地减少振动，保证图像质量不受影响。