Flag标签系统是利用DNA重组技术将一个短的亲水性八肽(DYKDDDDK)融合到目标蛋白中，从而形成融合蛋白。Flag标签可位于蛋白质的C端或N端，该系统已广泛应用于各种细胞类型，包括细菌、酵母和哺乳动物细胞等。而利用相应的Flag标签抗体可对融合蛋白进行检测和纯化，并且能够大大提高目的蛋白的纯化效率。

Flag抗体的作用

• 用于融合蛋白的检测和纯化：在抗融合标签的单克隆抗体的参与下，可直接通过酶联免疫吸附实验( ELISA)、免疫印迹（WB）等方法检测表达产物的蛋白质水平；抗融合标签抗体可进行相应融合蛋白的纯化。在抗体和目的蛋白的特异性结合条件下，蛋白的亲和纯化效率会显著提高。

• 用于寻找相互作用的蛋白质：抗标签的抗体在荧光标记后可以用于寻找与融合蛋白相互作用的蛋白质(包括目的蛋白的配体或受体)；可利用标签抗体沉淀与目的蛋白相互作用的蛋白质，并通过进一步的分离、纯化与鉴定，即可的到与目的蛋白相互作用的蛋白质的信息。

• 用于探索蛋白质的结构和功能：抗标签抗体可以用来研究蛋白质分子的功能，特别是用来研究膜受体的功能，因此，在实验中可以利用抗标签蛋白抗体的交联活化受体，代替天然配体来研究受体的信号转导或功能；将标签插入信号转导分子的特定结构域还可以用来研究分子的信号转导途径。