利用离子阱作为分析器的质谱仪称为离子阱质谱仪。使用多的是由高频率电场进行离子封闭的保罗阱。由一个双曲面截面的环形电极和上下一对端电极构成。封闭在真空池内的离子，通过高频电压扫描，将离子按m/z从池中引出进行检测。
离子阱质谱仪是一种低分辨时间可以进行msn的测定。而且价格比其它类型的串联质谱仪便宜。在有机物定性方面得到了很广泛的应用。
离子阱有全扫描和选择离子扫描功能，同时具有离子储存技术，可以选择任一质量离子进行碰撞解离，实现二级或多级MSn分析功能。但离子阱的全扫描和选择离子扫描的灵敏度是相似的。广泛应用于蛋白质组学和药物代谢分析。已经出现了很多离子阱质谱与其它分析仪器联用的技术，如气相色谱-离子阱质谱联用仪(GC-ITMS)、FTR-ITMS联用技术。
