离子阱质谱仪是分离和检测不同同位素的仪器。仪器的主要装置放在真空中。将物质气化、电离成离子束，经电压加速和聚焦，然后通过磁场电场区，不同质量的离子受到磁场电场的偏转不同，聚焦在不同的位置，从而获得不同同位素的质量谱。
离子阱质谱仪的功能简介：
1、可升级的电子转移裂解模块可以提供传统裂解方法无法得到的蛋白质翻译后修饰信息；
2、脉冲碰撞能量诱导解离功能可以提供低质量端碎片离子信息；
3、高选择MS/MS分析给谱图在数据库和谱库检索更好的匹配，提高了结构确证的可靠性。另外快速极性切换，母离子相关MS3数据关联扫描，可以对翻译后修饰和代谢物组成的鉴定进行智能、快速分析，还可以和回旋共振质谱组合成的多级高分辨杂交质谱仪；
4、自动数据依赖性多级质谱采集技术不仅为用户提供预测代谢物结构信息，也能提供未预测到的代谢物结构信息。此外使用自动固定中性丢失数据依赖性扫描触发三级质谱扫描能检测某一类的代谢物。使用分析软件增强复杂基质中代谢物筛选和鉴别功能，使谱图解析更简便。
离子阱质谱仪的优点：
1、结构简单，体积小，容易抽真空，所以便携式质谱会采用离子阱。
2、由于离子阱可以将某个离子限制在阱里面做轨道运动，所以可以对这个离子做二次碎裂（一般做法是加入氦气，让氦气分子和离子进行碰撞碎裂），对二次碎裂后产生的碎片离子再进行碎裂，产生三级碎片，这个叫做多级质谱。
离子阱比较容易实现多级质谱，所以对某个特点物质的定性，多级质谱是个很有用的工具。
当然多级质谱也有很多局限，很多化合物在阱里面不一定能被二次碎裂，即打不碎，而且离子阱碎片有三分之一效应，即质荷比是母离子1/3以下的碎片都观察不到，对定性结论造成不确定性，所以多级质谱存在打不碎或者看不到的问题。
多级质谱适合对某一个或者几个化合物的分子进行定性研究，要对上百种VOC化合物进行多级质谱显然很不现实。
