毛细管气相色谱柱的选择：
柱长：增加柱长可提高分离效果。但柱过长，使分析时间延长。所以在满足一定分离度的条件下，应选用尽可能短的色谱柱。
固定液的用量选择：担体的表面积较大时，固定液用量可多些，允许的进样量也相应增加。但从速率方程式的传质项中可知，为了减小液相的传质阻力，应使固定液的液膜厚度尽可能薄。但固定液液膜太薄，则允许的进样量也就越少。因此固定液的用量要根据具体情况决定。
固定液的配比选择：(指固定液与担体的质量比)一般为5:100到25:100。担体的比表面积越大，固定液用量的比例可越高。
担体的性质和粒度选择：若担体的比表面积大，孔径分布均匀，则固定液易分布均匀，从而可加快传质过程，提高柱效。故应该选用颗粒小且均匀的担体，并尽可能填充均匀，以减少涡流扩散，提高柱效。但粒度过小，填充不易均匀，会使柱压降增大，对操作不利。
如何保养与维护毛细管气相色谱柱，如何避免色谱柱的破损、固定相的损伤以及如何解决一些不能避免发生的问题，是色谱工作者极为关注的焦点。因为这对更加有效地延长毛细管柱的使用寿命，减少不必要的误工时间，改进色谱柱的重现性和分析结果的可靠性等方面都是极为重要的。
