饲料液相色谱仪硅胶色谱柱在清洗时，强溶剂洗不掉色谱柱上残留的污染物。然后需要使用更强的溶剂或多种溶剂来清洗色谱柱。一般来说,所有的清洁方法都有相似的模式,使用的溶剂随着溶剂强度的增加而增加，后一种溶剂通常是非常疏水的(如乙酸乙酯)，可用于溶解非极性物质，如脂类和油脂。使用多种溶剂时，确保每种溶剂都可以与下一种溶剂混溶。在清洗过程结束时，必须使用中等强度的可混溶溶剂返回原始溶剂系统。
以下溶剂可用于硅胶键合柱常用的缓冲溶液：
100％甲醇、100％乙腈、75％乙腈-25％异丙醇、100％异丙醇、100％二氯甲烷和100％正己烷。
使用二氯甲烷或正己烷后，因为在使用原始水相溶剂之前必须用异丙醇清洗溶剂相容的色谱柱，所以每种溶剂应清洗至少10倍的色谱柱体积。
要恢复原始溶剂系统，不必冲洗每一步，中间步骤可以跳过。在中间步骤中，可以使用异丙醇，然后使用无缓冲液的流动相，最后恢复初始流动相配置。四氢呋喃是常用的另一种去除污染的溶剂。如果色谱柱被严重污染，二甲基亚砜或二甲基甲酰铵和水可以以50∶50的比例混合，并以低于0.5ml/min的流速流过色谱柱反相柱的成功再生是一个非常耗时的过程，并且溶剂洗涤可以通过梯度洗脱系统操作。另一个问题是色谱柱在清洗过程中是否会被反冲，因为大部分强烈保留的污染物会积聚在色谱柱头上，这反过来会缩短被冲出色谱柱的污染物的移动距离。考虑到填充柱的稳定性，大多数液相色谱柱的填充压力远远高于正常操作压力，因此它们的床层不应受到反向流速的影响。然而，如果头部的烧结直径大于尾部的烧结直径例如，尾部烧结的孔径为2μm，这通常可以保持填料的平均孔径为5μm。如果孔径大于填充粒度分布曲线的最小粒度，一些填料会通过这些间隙流出色谱柱，这将导致空白空间。
清洗饲料液相色谱仪色谱柱的频率主要取决于有多少强残留物质流过色谱柱，因为反相色谱柱有时会在分辨率消失或重影峰出现之前承受大量污染，用户通常会等到异常情况出现后才开始注意。然而，污染物的过度积累会使清洗色谱柱更加困难。因此，当经常装载杂质较多的样品时，应定期清洗色谱柱。
