二手环氧乙烷灭菌柜灭菌程序包括预热、预湿、抽真空、通入气化环氧乙烷达到预定浓度、保持灭菌时间、排除灭菌柜内环氧乙烷气体、分析去除灭菌物品中环氧乙烷残留。环氧乙烷与二氧化碳的混合物可用于环氧乙烷灭菌。禁止使用氟利昂。分析可在环氧乙烷灭菌柜或专用通风柜中继续进行。一般不宜采用自然通风方式。对反复输入的空气进行高度过滤，可过滤≥0.3um颗粒99.6%以上。
二手环氧乙烷灭菌柜环氧乙烷残留主要指环氧乙烷灭菌后残留在口罩和包装材料中的环氧乙烷及其两种副产物氯乙烷和乙二醇乙烷；过度接触环氧乙烷残留物会导致患者灼伤和刺激。环氧乙烷残留量与灭菌材料、灭菌参数、包装材料及包装尺寸、装载量、分析参数等有关。口罩一般在60℃时，分析时间为8h；50℃，分析12h。其他一些材料可以缩短分辨时间，比如金属和玻璃可以立即使用，还有一些材料需要延长分辨时间，比如器械的内置心脏起搏器。灭菌物品中环氧乙烷残留量应小于15.2mg/m3；灭菌环境中环氧乙烷的浓度应低于2mg/m3。
二手环氧乙烷灭菌柜环氧乙烷的排放：口罩消毒后，环氧乙烷的排放优先于大气。安装时有要求，必须有专门的排气管系统，排气管材质必须是环氧乙烷，如铜管。排气口7.6m范围内不得有易燃物和建筑进风口，如门窗；如果排气管垂直部分的长度超过3M，则必须安装集水器。不要使排气管凹入或成圈，造成冬季湿气积聚或结冰，堵塞管道；排气管应引向室外，出口处倒转向下，防止水分滞留在管壁上或堵塞管壁；需结合环氧乙烷灭菌器厂家要求请专业安装工程师进行安装。如果环氧乙烷排入水中，整个排放系统（管道、水箱等）必须密封，否则大量热环氧乙烷会从水中溢出，污染周围的工作环境。
