菌落总数检测仪根据大自然中萤火虫发光原理，进行一系列数据对比，而研发的快速检测ATP技术。也就说在普通的环境里检测液中的虫荧光素酶催化虫荧光素和ATP之间发生氧化反应形成氧化荧光素并发出荧光，其光的强度与微生物数量呈比例关系，这就是检测仪的原理。
菌落总数就是指在一定条件下每克（毫升）检样所生长出来的细菌菌落总数。按国家标准方法规定，即在需氧情况下，37培养48h，能在普通营养琼脂平板上生长的细菌菌落总数，所以厌氧或微需氧菌、有特殊营养要求的以及非嗜中温的细菌，由于现有条件不能满足其生理需求，故难以繁殖生长。因此菌落总数并不表示实际中的所有细菌总数，菌落总数并不能区分其中细菌的种类，所以有时被称为杂菌数、需氧菌数等。
菌落总数检测仪是食品安全检测中重要的一种设备。20世纪末，一些检测仪检测系统及技术被引入我国，到目前为止，除个别省级卫生监视检测单位配备外，主要是在一些外资或合资企业中自行检测运用。自我国卫生部颁发了食物加工企业HACCP实施攻略，煽动食物加工企业引入菌落检测系统。该检测设备用途广泛操作简单，准确率高，与其它评估方法相比，具有以下优势：
1.良好的可靠性和一致性：可确定出各种有机物和/或微生物残渣的存在。另外由于它使用液体稳定试剂，因而检测结果准确、重复性好，为真实的洁净程序评估提供了可靠依据。
2.实时监控：荧光素酶/荧光素/ATP反应为即时反应，读数可以在数秒之内得到。因此可根据结果立即采取纠正措施。
3.直接和间接危险性评估：ATP检测的是表面已有的生物物质和有生物残留物、易滋生微生物的潜在危险区域。食物残留区域是最易受到微生物污染或最易发生交叉污染的地方。
4.使用简便：非专业技术人员也可轻松使用，这使得日常使用趋于简单化。
