在细胞培养中常可见到细胞及培养液中有一些大小不等、形态不同的黑色未知颗粒，去网上查询得到的答案也多种多样。
那么这些小黑点究竟是什么？我们又该怎么去应对这种情况？
细胞碎片类
在细胞培养的时候， 由于细胞代谢、物质交换、周边环境变化，尤其是在从37度培养箱中拿出来观察的过程中，由于液体培养基的比热较大，液内温度高于外界温度，造成冷热交换、小范围内形成液体流动加剧，当然这些小碎末就会被搅动起来形成似乎“游动”的感觉；随着细胞培养的继续，部分细胞开始衰亡，细胞膜结构破裂，破裂之后的细胞内容物泄露到培养液中。尤其是溶酶体的破坏，连续性地造成其他细胞和细胞器的损伤，如果换液不很勤，又会出现进一步破坏和残渣的出现；
再者，“小黑点”问题是很多细胞培养者已经发现的问题，但到目前为止尚未找到其监测和排除的试剂和手段，这首先是由于所谓“小黑点”病原体根本难以收集和捕捉， 这也从另一个侧面证明了“小黑点”问题的难以确定性；再说任何一种外来的微生物在培养基中都会有生命活动的反应和表现，而不是简单地运动那样的外观性表现。
举一个例子：如果“小黑点”的运动状况已经到了用显微镜已经可以观察出的程度，其营养代谢和能量需求也就可想而知。这样，培养液中的影响消耗、酸碱含量程度等都要发生明显变化。
比如说：迅速的、大含量的沉淀， pH值的迅速下降，细胞大量破碎死亡、引发其它类型微生物侵染等等。而这些状况，在所谓的“小黑点”感染中，是很难观察到的。同时“小黑点”的出现而影响细胞状态似乎得不到有力的证据。倒是细胞状态下降的时候，“小黑点”明显增多了。很有可能是细胞状态下降时，细胞衰亡产生的细胞碎片。所以小黑点属于细胞碎片是比较可能和合理的。
玻璃培养瓶中的类似氧化硅的东西
网上有一篇文章说，小黑点其实不是一种生物，是无机物，其本质是玻璃培养瓶里的硅颗粒。可影响细胞生长，细胞状态好时，不明显。细胞状态较差，数量少时才容易看到，好的办法是用一次性培养瓶，可消除小黑点影响。
支原体
有人曾认为小黑点可能是支原体污染，小黑点可以通过滤膜，可以在空气中传播。而恰巧口腔支原体为人体口腔中之正常菌丛，所以实验室之操作人员的污染亦可能为支原体的污染源。但有人为此做了实验证明小黑点不会是支原体，原因如下：
1、光镜下可见, 因为体积不对，支原体在普通显微镜下不能看到。
2、多种染色后可见，甚至hoechst即能将它染色,一般来说支原体用普通染色法不易着色，用姬姆萨染色很浅，革兰染色为阴性。所以，小黑点是一种支原体的可能性比较小。
真菌
有很多人发现类似小黑点的，但最后确定是真菌，二性霉素B对其有效。那说明小黑点不存在只是细胞培养中的真菌感染，还是说明小黑点属于真菌类污染物。如果小黑点是一种真菌，那么由此引起的污染是不会引起那么多人的关注，即使它很特殊。但是这不能排除那些认为“小黑点”是真菌的细胞者，看到的只是一般真菌感染。由于细胞被感染了，要进行拯救处理，不像理论上那么简单，稍有不注意都是很容易导致培养失败，所以小黑点是一种真菌也是不太可能。
寄生类原虫
小黑点属于寄生类的原虫，而不是细菌、支原体，也不是什么补体、细胞碎片或蛋白沉淀。有人在400倍以上的高倍镜下可以清楚的看到它有两种不同形态，一种较大，运动较慢，泛红光；另一种较小，运动较快，红中带绿，个小的围着个大的分布，很可能是公的围着雌的。这种生物也并非离开细胞就不能存活，也有人做过这样的试验，单纯培养过污染小黑点的血清4周，直到满视野都是黑煤渣般的小黑点。给人的感觉是小黑点和细胞一样有丛集性，如果密度低则生长缓慢，如果手懒，拖了几天没换液，待生长到一定浓度后便会飞速分生，细胞受感染的程度也大，这时除了培养基中可见外，细胞表面通常也象长满了粉刺，所以有人认为细胞旁分泌的某些因子可以抑制小黑点的生长。
据说，中国病毒所和军科院鉴定是一种寄生于牛血清内的一种原虫，似乎和草履虫和变形虫有类似之处，然而由于课题经费不够而不能继续进行下去，所以并没有明确的证据证明此项猜测的正确性。
那么如果您在细胞培养的过程中发现有黑点生成，可采取下列步骤：
首先，要肉眼观察培养基是否混浊，
然后，在镜下观察培养细胞生长的状态，黑点是否游动。
如果细胞被污染，微生物则会大量繁殖，培养基就会迅速变黄、变混浊。污染包括细菌污染、支原体污染等。
如果在镜下观察细胞，生长状态良好，与黑点出现前相比，没有任何变化，那么，黑点的出现可能与以下几种情况有关：
(1)细胞生长过老，破碎的细胞残骸;
(2)血清质量不好，反复冻融的结果;
(3)配制培养基的pH值偏高，不宜细胞生长;
(4)配制培养基的水质、容器不合格。可应用离心、过滤的方法去除这些黑点;
(5)培养原代细胞中出现小黑点，可能是原代组织中的杂质，多次传代可以消除。
以上就是小黑点会出现的可能原因，建议您购买HAKATA血清进行实验，达到理想的细胞培养效果。
