蛋白相关的检测中，首先最关键的一步便是蛋白质的提取。蛋白质的提取过程中，蛋白水解酶就会被释放出来或被激活，影响最终的结果。
为了避免这些情况的出现，可以在样品制备时尽可能低温下进行。此外，许多蛋白酶在pH9以上就失活了，因此Tris-base，碳酸钠或碱性载体两性电解质往往能抑制蛋白水解。
但是有些蛋白酶在上述条件下仍然保持着活性，此时，我们可以通过加入各种蛋白酶抑制剂以防止蛋白质的降解。
根据催化中心结构的不同蛋白酶可分为以下4类：
1、丝氨酸蛋白酶
在其活性中心含有丝氨酸和组氨酸，如糜蛋白酶、弹性蛋白酶、血纤维蛋白溶酶、凝血酶、枯草杆菌蛋白酶、胰酶等。
2、半胱氨酸蛋白酶(又称硫醇或SH蛋白酶)
在其催化中心含有半胱氨酸，如钙蛋白酶、组织蛋白酶B/C/L、木瓜蛋白酶等。
3、天(门)冬氨酸蛋白酶(羧基蛋白酶)
在其活性中心含有天(门)冬氨酸，如组织蛋白酶D、木瓜蛋白酶、肾素等。
4、金属蛋白酶
在其催化中心含有金属离子，如氨基肽酶、羧基蛋白酶A/B、嗜热菌蛋白酶等。
除了蛋白酶抑制剂以外，在许多研究过程中，尤其是一些制药公司和研究院所在研究药理学机理的时候，需要了解蛋白磷酸化途径，因此一个重要的步骤就是准确的观察一般和特异的磷酸化状态，所以蛋白抽提的另一个重要保护过程就是对磷酸化状态的有效保护。
