微生物是指那些肉眼看不到而需要借助显微镜观察的微小生物，主要包括原核微生物(如细菌)、真核微生物(如真菌、藻类和原虫)和无细胞生物(如病毒)三大类。
微生物按结构、组成可分为三大类,即原核细菌型微生物(细菌、支原体、立克次体、衣原体、螺旋体、放线菌)、真核细菌型微生物(真菌)和非细菌型微生物(病毒)。
微生物分类是按微生物的亲缘关系相似程度把微生物归入各分类单元或分类群(taxon)，以得到一个反映微生物进化的自然分类系统、可供鉴定用的检索表以及可给出符合逻辑的名称的命名系统。所以微生物分类的具体任务就是分类(classification)、鉴定(identification)与命名(nomenclature)。
微生物形体微小与发生变异等特点微生物分类带来了许多困难。加之，由于微生物的进化关系一般较难搞清楚，因此在微生物分类中或多或少地掺杂有人为和主观的因素。正因为这样，数值分类和遗传分类等一些比较客现、可信度较高的分类法，在微生物分类中已得到越来越广泛的应用，尤其是遗传分类法。。
进行微生物分类鉴定前，首先必须获得该微生物的纯培养物，然后根据一系列分类特征进行鉴定。一般是先根据形态特征鉴别其属于哪一个大类(细菌、放线菌、酵母菌或霉菌)；再根据其生理生化特征、生态特征、免疫特征和遗传特征等，借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于哪个目、科、属、种；最后与该种的模式种(type species)加以比较并命名。
第一节 微生物的分类单元
与其他生物的分类一样，微生物分类的基本单元也是种(species)。微生物种是显示高度相似性、亲缘关系极其接近、与其他种有明显差异的一群菌株的总称。所以微生物学中的种带有抽象的种群概念，但在具体分类之前，常用一个被定的、能代表这个种群的模式菌株或典型菌株(typestrain)作为该种的模式种来定种。模式种往往是定为一个新属的第一个种或第一批种之一，也可以是在某一已知属内任意定的种。
