深冷箱具有高效，结构紧凑，适用于多相流等特点，但其流道小，易堵塞，不耐腐蚀。在使用中要注意入口流体的组分和纯度，在入口按设计要求安装一定目数的过滤网或过滤器；并在冷箱进出口安装精密压力表，定期监测，当压差增大到一定程度时即需要将冷箱切出清理滤网，或者需要注入甲醇等物质解冻。跑冒滴漏也是板翅式换热器使用中常见的现象，这是因为板翅式换热器在低温下收缩，有可能引起某些法兰处气体泄漏，因此，对于在-100℃以下操作的法兰，应进行螺栓冷把紧。通常是当板翅式换热器逐步降温至-30℃以下时，拧紧所有的法兰螺栓。当达到正常操作温度而法兰未发现泄漏时，就不要将法兰螺栓拧得太紧，以免损坏垫片。当产生结霜现象影响冷把紧时，常用的办法是在螺栓上注以甲醇溶液。
除此之外，还应注意做到以下几点：
①操作人员必须严格按照操作规程进行操作。
②在开车初期，应逐渐缓慢地向深冷箱系统增加裂解气流量，确保脱甲烷及冷箱系统温度下降是均匀的，并使操作人员容易监控冷箱系统的压力。
③对于采用S&W工艺的装置来说，初次开车冷却分凝分离器的降温速率应限制在规定范围内（一般为170℃/h）。
④当发生异常情况时，要迅速查明原因，及时处理，在保护操作人员和设备安全的原则下，尽可能避免停车事故。⑤深冷箱出口设有低温联锁保护的装置，如发生联锁动作,外操人员要对被隔离的管线进行必要的泄压处理。
⑥系统在投用前要仔细检查导淋阀、安全阀的旁路是否已全部关闭。必须勤于检查系统物料泄漏的情况，发现问题及时与相关人员联系。
