气相色谱中的净化系统也可以认为是气路系统的一部分，其作用主要是净化载气中残留的杂质。让气相色谱能稳定正常的工作。
净化装置的作用：净化器的功能是帮助GC分析的质量和分析结果的稳定性，延长色谱柱的寿命和减少检测器的噪音。净化器主要是去除气体中水分、烃、氧。存在气源管路及气瓶中的水分、烃、氧会产生噪音、额外峰和基线毛刺，尤其对ECD和PIO检测器影响更为显著，个别情况下还会破坏色谱柱。通常水分存在于气体容器的表面和气体管路内，不仅会影响组分的分离，还会使固定相降解，缩短柱子的寿命。氧的破坏作用最严重，即使很微量的氧也会破坏毛细管柱，氧会使固定相氧化，从而破坏柱性能和柱寿命，氧化物还会引起基线噪音的漂移，并随着柱温升高破坏性急剧增大。
吸附剂的活化：由于分子筛净化的原理是筛分作用，所在针对不同气体可以采用不同类型的分子筛达到不同净化要求（脱水的同时脱除其他的物质），可以参考说明书，活化条件也随之而异。总的来说，活化后残留的水分会影响脱水的效率，残留的水越少，则脱水的效率越高。净化管中所用的吸附剂（分子筛、活性炭、硅胶）及催化剂（脱氧剂）用前必须活化，失活后可再生重复适用。
净化器的安装：为了提高净化效果，净化器安装顺序需要注意的是气体必须从净化器上部进入，底部流出。净化管进出口必须用玻璃棉或烧结的不锈钢堵好，以防止净化剂的粉末吹入气相色谱仪的气路系统，损坏阀件的性能和色谱性能。
