重组蛋白纯化要利用不同蛋白间内在的相似性与差异，利用各种蛋白间的相似性来除去非蛋白物质的污染，而利用各蛋白质的差异将目的蛋白从其他蛋白中纯化出来。每种蛋白间的大小、形状、电荷、疏水性、溶解度和生物学活性都会有差异，利用这些差异可将蛋白从混合物如大肠杆菌裂解物中提取出来得到重组蛋白。
重组蛋白纯化常用的几个方法如下：
1.亲和纯化色谱：
根据蛋白与色谱基质上偶联的特异性配体间的可逆性相互作用分离蛋白。该技术对目的蛋白具有高选择性、高分辨率和高容量。纯化回收率通常较高。
2.离子交换色谱：
不同蛋白质的等电点特性，使在不同pH缓冲液条件下所带正/负净电荷不同，选择不同的离子交换柱实现分离。
离子交换层析属于吸附性分离方式，纯化过程中它具有可逆、操控性强及实现样品浓缩等特点。在精纯实验中是常与其它方法相结合使用的主要技术。
3.分子排阻色谱：
又称为凝胶过滤色谱。根据分子大小差异对通过树脂的分子进行分离。其目的可以是分离其中一种分子或者分析样品的分子量分布。SEC可提高抗体样品的纯度和均一性。与离子交换或亲和色谱不同，该方法中分子不与色谱介质结合。
4.疏水作用色谱：
HIC根据抗体表面疏水性的差异，利用这些蛋白与介质疏水性表面之间可逆性的相互作用对其进行分离。对色谱柱施加盐浓度从高到低的反梯度。较高的盐浓度可增强样品中疏水组分与色谱介质间的作用。分离过程中，样品得到纯化并以较小的体积洗脱出来，从而实现浓缩，随后可直接进行凝胶过滤或者离子交换分离（经过缓冲液交换后）。HIC在纯化方案中可用于收集、中间体纯化或精制步骤。
