核酸染料对动物和人的毒性由多方面决定。
一是染料的膜通透性。EB 被归类为强诱变剂是由于其分子量较小，容易进入细胞内。而 EB 二聚体 Ethidium Homodimer（EthD）嵌入 DNA 的能力比 EB 强上千倍，但毒性很小，就是由于其分子比 EB 大，不能透过细胞膜，所以毒性反而更低。SYBR 系列染料虽然低毒，但由于一般都溶于 DMSO（因为容易水解，不能使用水溶液做溶剂） 中，所以如果溅到皮肤表面，更容易进入皮肤。
二是染料是否容易被人体降解。比如 EB 在体外就很难降解，一旦进入体内能在人体内残留的时间可能比较长，增加了毒性；而 SYBR Green I 等染料（也能以嵌入方式与 DNA 结合）由于不稳定，比较容易自然降解，所以毒性自然较低。
三是降解产物是否有毒性。比如用很多方法（如强碱法）降解 EB 得到的产物有的比 EB 毒性更大，而有的染料降解产物毒性却低很多，甚至无毒。
四是染料进入细胞核以后是否能跟 DNA 结合。很多实验结果显示即使 EB染料也很难嵌入型到染色体中，因为染色体的 DNA 已紧密地与组蛋白结合。五是染料与 DNA 的结合方式。如果是嵌入式结合（如 EB 染料），则容易在DNA 复制时引起突变；如果是附着式结合（本产品），则不容易引起突变。 六是细胞修复突变的能力。正常人体都有很强的修复突变的能力，如修复日光中 UV 诱导的 DNA 突变。总之，一种 DNA 染料的毒性强弱是多种因素综合的结果。
