原始的蒸馏器主要用于炼丹药。从一开始的低温氧化焙烧法到东汉时的密闭抽汞法，此时已经形成了较为原始的蒸馏器。它是将容器密封，然后加热，此时丹砂分解出的水银蒸汽冷凝在容器内壁，这套装置再加上冷凝装置和汞收集器，就组成了较初的蒸馏器。后来随着社会的进步，蒸馏器也在发生着变化。汉代出现了铜蒸馏器，有上下两个部分构成:上体底部带單，簞上附近铸有一槽，槽底铸有一引流管，与外界相通;在蒸馏时，蒸汽在器壁上凝结，沿壁流下，在槽中汇聚后顺引流管留至器外，这样就能起到蒸馏作用。再后来，又出现了天长铜蒸馏器。
随着社会发展，对蒸馏器的要求也是越来越高了，蒸馏器也在随着人们的意愿发生了这天翻地覆的变化，现在，已经脱离了原先炼丹、制酒时的复杂装备，而变得更加简单易用。定氮仪蒸馏器就消去了如此复杂的设备，只需将样品放入仪器的试管内，打开仪器，就可以进行蒸馏。此时的蒸馏器，无论是外观，还是功能上，都已经与古代的蒸馏器相距甚远。
蒸馏器的安全操作规程：
一、启动前先检查电源与地线接触是否良好。
二、使用前应洗刷内部,且将存水排净,更换新鲜水以免产生的水垢降低质量,影响使用效果。
三、在进行洗刷时要注意:切勿用力过猛,以至损坏零件。
四、进行使用时注意水位变化,切勿断水,以防发生事故。
五、操作时切勿用手触摸容器的外臂,以免烫伤。
六、蒸馏器必须由专人负责操作,调换新操作人员时必须详细交代清楚。
