AF的检测方法从最初以薄层层析法为主，发展到高效液相色谱法、微柱法、酶联免疫吸附法等多种方法普遍应用，其进展与新的化学检测手段和新仪器的出现密不可分。这些新方法、新手段的快速应用，为黄曲霉毒素的检测提供了更广泛的选择余地，适应了不同的检测目的和要求。
薄层层析法（TLC）是测定AF的经典方法，其原理是将样品经过提取、柱层析、洗脱、浓缩、薄层分离后，在波长365nm紫外光下产生蓝紫色或黄绿色荧光，并根据其在薄层上显示的最/低检出量来确定其含量。
HPLC具有高分辨率，分析时间较短等优点。它的原理是样品溶液中欲分离的几种化合物在流动相和固定相之间有不同的分配量，从而达到分离的目的。AF经柱后电化学衍生化后，能发射特征性荧光，被荧光检测器捕获后而得到检测，最后经化学工作站处理数据。这一检测方法，将化学分析试验与领/先的计算机技术结合，使自动化程度得到极大的提高，在试验空间、人力和仪器都保持不变的情况下，能检测更多的样品。HPLC是近几年发展起来的检测AFB1的方法，主要是用荧光检测器检测。该法快速而准确，但需要昂贵的仪器设备，未能广泛使用。
微柱法测定AF，是利用微柱管内的硅镁型吸附剂吸附AF并在365nm紫外光下显示荧光，其强度与一定浓度的AF含量成正比关系，由此可简略定量AF。
酶联免疫吸附法（ELISA）是抗原（或抗体）吸附剂和用酶标记的抗体（或抗原）与标本中的待测物（抗原和抗体）起特异的免疫学反应，用测定酶活力的方法来增加测定的敏感度，是一种定性或半定量的方法。大致采用两种方法检测AF：一种是用双抗体夹心法；另一种是用竞争法。免疫吸附法测定的试剂盒及配套仪器、方法被列入国家标准（GB/T5009 22-1996第二法）。
关于运用酶联免疫法检测AFB1的检测报道也较多，目前国外已有较成熟的检测食品及饲料中AFB1等真菌毒素的ELISA试剂盒出售，我国自20世纪90年代以来也有一些以ELISA检测食品及饲料中AFB1的研究报道。
（1）溴化荧光分光光度法（SFB）
样品经甲醇-水混合溶剂提取后，部分提取液通过固相分离进行柱前处理，500μL纯化的提取液用溴试剂衍生化后，用荧光检测计中检测，样品荧光吸收度与硫酸喹啉液的吸收度比较可直接换算成AF的总含量。该法已通过AOAC和美国农业部联邦谷物检测中心的认证。
（2）超光谱方法（HS）
超光谱法是基于反射能基础上的一种非侵入无破坏的映像技术，用于农产品检测中，能够快速地提供该产品的有关化学和其他方面的内部细节。另据研究报道，培训黄蜂可用于AF检测。由于AF主要是由黄曲霉产生的，寄生黄蜂通过培训能把黄曲霉的气味和糖水联系起来，并对这些气味产生有区别的行为反应，借此来识别目标气味的存在。这种培训反应正在应用于储藏玉米、花生的AF监控和检测实践当中，目前还未给出有关的结果评定。
薄层层析法对样品处理繁琐，实验过程复杂，所需时间多，易受杂质干扰，较适合于对AF的定性检测，是研究AF初期所使用的主要方法。今后，虽然薄层层析法在不断地改进，并在一般实验室均可完成操作，但由于它复杂的前处理过程致使在应用中仍然会受到一定程度的限制。
高效液相色谱法测定AF，技术水平要求较高，目前采用这种方法检测AF较多，但具体一次实验所使用的化学药剂和处理途径差别很大，对实验结果的精度造成影响，这种方法还应在实践中进一步改进。但总体上说高效液相色谱法操作较为简便，同时可检测多个AF种类，适于大批量样品的分析。将免疫亲和柱与高效液相色谱法结合应用，是目前采用较多的一种方法，今后将被广泛应用。
微柱法测定AF，主要是用来检验AF的存在与否以及快速筛选出超标样品，而要对AF种类进行区分定量检验，则需要对不同AF组分进行分离，再利用其他方法检测。因此，微柱法并不能完成整个AF检测过程，仅适用于定性检验。
酶联免疫吸附法操作简便，使用较为安全，但由于酶本身的不稳定性，用此方法检验AF有可能带来假阳、阴性结果，而且研制出的AF快速测试盒多以测定最/具毒性的种属为主，食品和饲料工业上利用它来界定食品或饲料中AF的超标问题。酶联免疫吸附法的检测精度还有待于提高。
溴化荧光分光光度法的最/大/优/点是检测时不使用AF对照品，同时快速、灵敏，适合大批量样品普查，仪器价格也较低，张雪辉等比较了用SFB法和溴衍生HPLC检测中药中AF的结果，发现SFB法在测定中药时可能出现许多假阳性结果。
