毛细管色谱具有以下优点：
（1）分离效率高。比填充柱高10～100倍；总柱效高：尽管毛细管柱效比填充柱大，但仍处于同一数量级。然而毛细管柱为开管柱，可以做得更长（n大）。此外，柱管中心是空的，因此涡流扩散项不存在（A=0），谱带展宽小因而总柱效高谱带展宽小，因而总柱效高。
（2）分析速度快。用毛细管色谱分析比用填充柱色谱速度,相比率（Vm/Vs）大，分配快，有利于提高柱效；加上保留因子k小，渗透性好，因而分析速度快；有利于提高柱效；加上保留因子k小，渗透性好，因而分析速度快；
（3）柱容量小。进样量小（对单个组分而言，约0.5 ug即达极限），需采用分流技术并使用更高灵敏度的检测器；这是毛细管柱最大的不足，尤其对痕量分析来说极为不利，而且宽沸程的样品在分流后会失真。
（4）色谱峰窄、峰形对称。较多采用程序升温方式。
（5）灵敏度高。一般采用氢焰检测器。
