加入果胶酶可以专一性地水解果胶类物质，使体系中其他胶体类物质因失去果胶的保护作用而沉淀析出，实现汁液澄清。
用果胶酶来加速果汁和风味提取，同时可以去除果胶。果胶酶不但能催化果胶解聚，有效降低黏度，改善压榨性能，提高出汁率和可溶性固形物含量，而且能增加果汁中的芳香成分，减少果渣产生，同时还有利于后续的加工工序,利用酶解技术可以使不同果蔬的出汁率提高10%～35%。
用于提高果蔬汁出汁率的酶技术一般分为两种: 一是果浆浸渍技术，即在破碎的果蔬浆中添加果胶酶，作用一段时间后榨汁;二是液化技术，即在果浆中添加果胶酶和纤维素酶，然后利用两者的协同作用，使果蔬细胞壁尽可能降解。
在酿酒行业使用果胶酶，可以增加天然色素的提取量，改善酒的色泽与风味，增加酒香，并可产生起泡酒，对提高酒的质量有重要作用。红葡萄酒制作中加入果胶酶的样品比未加果胶酶的样品发酵剧烈、迅速，可降低挥发酸的生成量，增加原酒干浸出物含量和总酚含量，改善葡萄酒的品质。
在咖啡发酵过程中利用产碱性果胶酶微生物除去咖啡豆的黏表皮，有时添加碱性果胶酶来去除含大量果胶质的果肉状表层。碱性果胶酶也可用于茶叶加工，以增加酚类物质、改善茶品质、促进茶叶发酵。研究人员指出，果胶酶可以明显改善红碎茶和红茶的品质，特别是能提高其水浸出物的达标率;可改善速溶茶粉末在冲泡过程中易形成泡沫的状况;用果胶酶处理茶浸出物，能分解果胶质，减少速溶茶形成稳固薄膜的力量。此外，果胶酶还可以增加茶在冷水中的溶解性，增加香气，改善汤色与清澈度。
在植物油的榨取过程中，包括碱性果胶酶在内的细胞壁降解酶发挥着重要作用，如在橄榄油榨制时加入碱性果胶酶，可破坏起乳化作用的果胶，提高出油率，且榨出的油贮存时非常稳定，多酚类物质含量也有所增加。
