亲和层析填料是根据生物分子间亲和力具有专一性而设计的层析技术，是生物大分子的生物学特异性，这种专一性的亲和力体现在，如激素和受体、抗原和抗体、酶蛋白和辅酶、酶和酶抑制剂（或配体）等。以抗原和抗体为例，在一定条件下，抗原抗体能紧密地结合在一起形成复合物。若将复合物的一方固定在不溶性载体上，则可从溶液中专一地分离和提纯另一方。与其他纯化方法相比，亲和层析的纯化作用强，效果好，最重要的是，纯化速度快，有时仅一步即可达到纯化的目的。
亲和层析填料具有三大优点：
1.纯化步骤少、纯化纯度高。亲和层析填料是一种极为有效的分离蛋白质的方法，通常情况下，一步法即可达到纯化的目的，更为关键的是，纯化的纯度高。
2.对不稳定蛋白纯化更有利。亲和层析填料能有效的进行物质纯化，对生物分子吸附和分离具有选择性，纯化倍数高。同时，在纯化过程中，蛋白得到浓缩，结合到亲和配基后，性质更稳定，活性回收率更高、纯化步骤更少、纯化时间更短、对不稳定蛋白的纯化更有利。
3.分离效果优良（较大容量载体同样）。除特异性的吸附外，仍然会因分子的错误认别和分子间非选择性的作用力而吸附一些杂蛋白质，另外在洗脱过程中，配体不可避免的脱落进入分离体系。亲和层析填料正确地选择合适的配体和结合方式，对获得具有优良分离效果和较大容量的载体同样具有重要作用。能与分离物质牢固、特异和可逆结合的物质都可以作为配体。选择配体有两个条件：第一是生物大分子与配体间具有合适的亲和力，亲和力太强，洗脱条件剧烈，易造成生物大分子失活，亲和力太小，解离容易，结合率不高。第二是配体要具有双重功能，既有可牢固与载体结合的基团，结合后又不影响生物大分子与配体间的亲和力。
