厌氧生物反应器的工作愿理是利用厌氧细菌群体：将含有有机物质的废气或废水氧化为无机物质，从而实现净化效果。厌氧细菌是一种不需要氧气而可以进行代谢活动的细菌，它能够利用氧化还原反应将有机物氧化成无机物，如CO2，氨氮，硝酸盐等。因此，厌氧反应器往往设置在废气或废水处理设备的末端，来净化废气或废水中的有机物质。
厌氧生物反应器使用须注意：
1、厌氧反应器在投入之前，必须进行充水试验和密性试验。充水试验要求漏水现象，密性试验要求池内加压到350mm水柱，稳定15min后压力降小于100 mm水柱。而且在进行厌氧污泥的培养和驯化之前，应使氮吹扫。
2、厌氧活性污泥应从处理同类污水的正在的厌氧处理构筑物中取得，也可取自江河湖泊沼泽底部、市政下水道及污水集积处等处于厌氧环境下的淤泥，甚至还可以使用好氧活性污泥法的剩余污泥进行转性培养，但这样做需要的时间要更长的一些。
3、厌氧反应器因为微生物增殖缓慢，一般需要的启运时间较长，如果能接种大量的厌氧污泥，可以缩短启动时间。一般接种污泥的数量要达到反应器容积的10% ~9%，具保值根据接种污泥的来源情况而定。接种量越大，启动时间越短，如果接种污泥中含大量的甲烷菌，效果会更好。
