荧光团是一种荧光化学物质，在激发时可以重新发光。荧光团可与蛋白质或寡核苷酸缀合以产生用于检测蛋白质和核酸表达的荧光标记。荧光标记在功能上接受给定波长的光能（例如，来自激光）并以更长的波长重新发射能量。这两个过程称为激发和发射。根据仪器设置（参见图 1 中的激光器和检测通道）、荧光团的特征以及一定面板（例如四色、六色或十色面板）所需的标记，流式细胞术中使用不同类型的荧光团。
图 1 流式细胞仪的品牌名称及其激光和通道设置。
图 2 Caprico Biotechnologies 的 10 种颜色面板以及常用荧光团的光谱。
FITC、PE、APC 和 PerCP 等染料多年来已成为标准。串联染料由与较大荧光团共价耦合的小荧光团组成，可最大限度地利用特定设备，增加每个激光器的检测通道，并为有价值的（有时非常有限的）样品生成更多信息。用于表面或细胞内表位检测的常用荧光团如图 2 所示。许多荧光团在流式细胞术中具有潜在的应用。 Alexa Fluor、iFluor 和 mFluor 等新一代小分子荧光团正在迅速取代许多传统荧光团，为用户提供更高的光稳定性和更明亮的荧光。 CBI 提供这些高性能荧光染料：iFluor™ 和 mFluor™ 系列。
