由于体外培养的细胞自身没有抵抗污染的能力，而在培养基中加抗生素的抗污染能力也是有限的，一般在细胞受到污染早期或污染较轻时，能及时处理并除去污染物，部分细胞还有可能得到挽救。
通常情况下，会有哪些微生物会污染培养的细胞？
一、霉菌污染
污染的多是曲霉菌，白色念珠菌，酵母菌，黑霉菌，孢子菌等。霉菌污染后多数在培养液中形成淡黄色或是白色的漂浮物，一般肉眼可见，较易被发现，短期内培养液多不变混浊。
倒置显微镜下可以看见细胞之间有纵横交错穿行的丝状，树枝状或管状菌丝，并漂浮在培养液中。很多菌丝在高倍镜下可以看见链状排列的菌株。念珠菌及酵母菌菌株呈卵圆形，散在细胞上及细胞周边生长。
二、酵母菌污染
酵母到处存在，并能在合适的环境中快速生长。酵母污染很容易观察到，培养物变浑浊，尤其在后期。一般PH值变化很小，严重时，PH值升高。显微镜下呈卵圆形或球形颗粒，有些会长出较小颗粒。
三、耐药细菌污染
细菌污染较常见的有大肠杆菌，白色葡萄球菌，假单孢菌等。加用抗菌素的培养液可预防和排除个别一般少量细菌的污染。一旦发生细菌污染很容易发现，多数情况下培养液短时间内变黄，表明有大量酸性物质产生，出现明显浑浊现象；有时静置的培养液起初不混，但稍加震荡，就有许多混浊物漂起。
倒置显微镜下观察，有时在细胞表面及周围有大量细菌存在，细胞停止生长并有中毒表现，必要时可取少量培养液涂片染色检查以明确细菌种类。
四、支原体污染
支原体是一种大小介于细菌和病毒之间(小直径0.2um)并独立生活的微生物．约有1%可通过滤菌器。支原体无细胞壁形态呈高度多形性，可为圆形、丝状或梨形。
支原体形态多变，在光镜下不易看清内部结构。多数支原体适合于偏碱条件下生存(PH7.6-8.0)，对酸耐受性差。对热比较敏感，对一般抗生素不敏感。
支原体污染细胞后，培养液可不发生混浊。多数情况下细胞病理变化轻微或不显著，细微变化也可由于传代、换液而缓解，因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞增殖缓慢，甚至从培养器皿脱落。
为确定有无支原体污染可做如下检测：荧光染色法支原体检测、PCR法支原体检测、qPCR支原体检测、电镜检查。
五、黑胶虫污染
黑胶虫污染细胞后，细胞生长会变缓慢，与细胞共生，竞争营养，培养液可不发生混浊。细胞间隙内出现小黑点，会不断变多，且对各类抗生素无效，显微镜下可以看到小黑点原地跳动，细胞状态变化会因为传代、换液而有所改善，因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞空泡化，出现很多细胞碎片等。
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