实时荧光定量PCR与普通PCR二者的实验结果相同，都能说明生物体外的特殊DNA复制的整个过程的扩增效率和溶解温度情况。但是二者也有以下不同之处。
1、二者系统组成不同
荧光定量PCR仪比普通的PCR仪多了荧光信号采集系统和计算机分析处理系统。
2、二者原理不同
荧光定量PCR实时监测与DNA结合的荧光染料激发的荧光，普通OCR通过检测插入DNA中核算染料的量来测定PCR最终产物量。
3、二者反应要求不同
荧光定量PCR对扩增片段有较高的要求，一般为100-300bp，普通PCR可以扩增长点的片段。
4、二者应用不同
荧光定量PCR主要是用来定量分析和确定基因转录水平的，普通的PCR仪是做定性分析和扩增基因片段，定量PCR仪可以做普通PCR仪的工作，反之不行。
5、二者测量成本不同
定量PCR仪价格较为昂贵，普通的基因扩增仪(PCR仪)只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。
实时荧光定量PCR技术有效地解决了传统定量只能终点检测的局限，实现了每一轮循环均检测一次荧光信号的强度，并记录在电脑软件之中，通过对每个样品Ct值的计算，根据标准曲线获得定量结果。
