BiteSizeBio列出了“清理 DNA 样本的 5 种方法”。在某种程度上，这个总结是过时的并且具有误导性。让我们来看看它们是如何工作的。
苯酚-氯仿萃取以去除蛋白质。将 DNA 溶液与苯酚和氯仿混合。水溶性 DNA 分配到水相中，而蛋白质在有机溶剂存在下变性，从而留在有机相中。
乙醇沉淀脱盐。在 DNA 提取中，盐通过破坏将核酸固定在一起的蛋白质链来释放 DNA 链。由于 DNA 不溶于乙醇。在乙醇溶液中，盐使 DNA 不易溶于水，同时有助于保持蛋白质（有机小分子）溶解在水中。结果是，DNA 分子聚集并从溶液中沉淀出来。
基于硅胶柱，使用硅胶或硅胶珠和离液盐。离液盐会破坏链之间的氢键，促进 DNA 与二氧化硅的结合以及与样品其余部分的分离。
阴离子交换使用带正电荷的 DEAE 功能化树脂结合带负电荷的 DNA 磷酸主链。
磁珠使用磁珠以 pH 依赖性方式有条件地结合 DNA，让您只需控制 pH 即可将 DNA 与样品的其余部分分离。磁珠带正电，在低 pH 条件下结合 DNA，但在高 pH 条件下，它们带负电荷，从而释放 DNA。
前两个实际上是称为有机提取的DNA 提取方法的一部分，该方法包括裂解步骤、苯酚氯仿提取、乙醇沉淀和洗涤步骤。
后 3 个用于 DNA 清理。所有步骤都包括结合、洗涤和洗脱步骤。其中基于磁珠的方法，因为不需要离心和其他耗时的处理步骤。它是高通量处理自动化的理想选择。由于它是现在的主流方法，珠子的成本在过去十年中下降了一半。
图 3. DNA 纯化工作流程。
混合：将纳米颗粒与 DNA 样品混合。
结合：当与样品混合时，纳米粒子与目标 DNA 样品结合。
清洗：使用磁力（例如磁力分离架）来拉动和聚集结合的材料。通过抽吸去除未结合的材料，剩下的是纳米颗粒结合的目标。
洗脱：从纳米颗粒中释放结合的目标样品。清洁后的 DNA 样品即可用于下游应用。
