冻干机的原理是在真空状态下，从固态的样品中直接将溶剂升华为气态而达到干燥的目的。由于是在常温甚至低温状态下干燥样品，所以不影响其样品的生物活性，并且处理后的样品呈酥松多孔状态，易于溶解。所以冻干是保存生物活性样品的好方法。
冻干机操作流程简述：一、预冻准备1、物料均匀地置于物料盘中，物料厚度不要超过10mm，物料温度传感器置于物料中的合适位置，并固定好。2、将装有物料的托盘放置于冻干架上，再放入冷阱中，盖上保温盖。3、打开总电源开关。若准备在冻干结束时往干燥腔充氮气（或其他惰性气体），先用氮气从放水进气口处往冷阱腔充气，冲洗一下放水进气管道，再关紧放水进气阀。
二、物料预冻物料的预冻是冷冻干燥过程的关键步骤，预冻过程的好坏直接影响冷冻干燥产品的品质。物料预冻过程基本可分为慢速冷冻、快速冷冻，用户可根据具体需要灵活操作设备，达到物料的有效预冻。如：1、慢速冷冻：预先准备好的物料放入冷阱，盖好保温盖，打开压缩机，预冻开始；2、快速冷冻：先行打开压缩机，待冷阱腔温度下降到一定温度，再将预先准备好的物料放入冷阱，预冻开始；
三、冻干操作1、将物料架从冷阱腔中提出，置于备用的活动硬质塑料圆盘上（均放置在冷阱腔上方），然后将有机玻璃罩罩好，若采用压盖装置冻干物料，物料预冻好后迅速将物料从预冻架转移到压盖装置的搁板上，然后将压盖用的有机玻璃罩罩好。2、系统运行在设备操作屏，按“真空泵”键，真空泵工作，按“真空计”键，真空度显示，待真空度达到30Pa左右后，按“加热”键启动冻干工艺程序，干燥开始按预先设定的工艺程序运行。注意：真空度零点已调好，用户无需进行校正；开真空计后显示大气状态为110×103～80×103Pa均为正常,无需进行调节。建议：在冻干过程，需要查看真空度时才打开真空计，不查看时关闭真空计，这样可延长真空计使用寿命。
四、化霜操作1、控制系统运行在设备操作屏，按化霜键，启动冷阱电化霜，化霜结束，系统会自动停止化霜。（该功能应所选机型具备）2、清理冷阱内的冰块、水分和杂质，妥善保养设备，冷阱腔内的冰溶化后，可通过放水进气阀排出机外；不使用时应使主机放水进气阀处于开启状态。
