实验前：
1.对实验器皿的准备：对玻璃器皿进行清洗，将洗净干燥的平皿、乳钵、刻度吸管等用牛皮纸包裹，放入鼓风干燥箱中于160℃干热灭菌2小时或放入高压蒸汽灭菌柜于121℃湿热灭菌30分钟，备用。
2.对实验用培养基及稀释液的准备：按规定比例配制实验所需的各种培养基及稀释液，包好，放入高压蒸汽灭菌柜于121℃湿热灭菌30分钟，备用。
3.洁净服的准备：将当天实验所用洁净服放入高压蒸汽灭菌柜于121℃湿热灭菌30分钟，备用。
实验中：
1.将实验所需器皿、培养基、洁净服、样品、稀释液放入相应的传递窗中，打开紫外灯，照射30分钟。
2.打开洁净室的通风设备1小时以上，观察洁净室各个规定区域的压差是否符合相应规定范围，若不符合，则应通知设备部门及时进行调整。
3.进入洁净室，换上工作鞋，用洗手液洗手，烘干，换上洁净服，戴上口罩、手套，并与喷手器下用75%乙醇或0.1%新洁尔灭对双手进行消毒。
4.进入万级洁净走廊，观察各个规定房间的温度、湿度、压差是否符合规定，并与传递窗中将经紫外灯照射后的样品、器皿稀释液及培养基，放入相应的实验室(如微生物限度检查室或无菌检查室)。并将培养基的温度控制在45℃以下(若培养基出现凝固现象时，因微波炉加热融化;若温度太高时，则应用纯化水降温至不烫手背宜。
5.打开超净工作台的紫外灯，照射30分钟，然后再打开超净工作台的通风设备。用75%乙醇或0.1%新洁尔灭对实验所用工作台面进行擦拭消毒(消毒时应遵循由里到外，由上到下，由洁净要求高到洁净要求低的原则)。
6.按照适宜的次序于超净工作台内摆放好稀释液、天平、消毒液、集菌仪、剪刀、镊子等物品，用75%酒精棉球进行消毒，将样品内包装表面用碘酒棉球以及75%酒精棉球依次进行消毒。将营养琼脂平板与超净工作台的左、中、右各置一个(平板需经下预培养48小时且无菌生长)，开盖暴露30min，测定的沉降菌每平板不得超过1cfu，则符合百级超净工作台的沉降菌标准(注：在洁净工作台进行操作时，为防止污染，应用酒精棉球对双手反复消毒)。
7.样品处理(以采用离心薄膜过滤法为例)： 用天平称取规定量的样品，置于乳钵中，碾碎，少量几次加入规定量(用灭好菌的两头高量取)的稀释液，研磨均匀，以制备供试液。8.细菌的检查：用灭菌吸管吸取规定量的供试液于离心管中，500转/秒，离心3分钟。离心后用注射器吸取规定量的上清液于集菌仪中(集菌仪中的滤膜应事先用少量的蛋白胨溶液进行润洗)，再用规定量的蛋白胨溶液进行反复冲洗(每次冲洗量不得超过100ml，每张滤膜的总的冲洗量不得超过1000ml，且冲洗过程中应该保持滤膜的完整性)。并用等量的蛋白胨溶液制备阴性对照的滤膜。
