水质细菌快速检测仪的工作原理基于生物化学反应和荧光发射。ATP（三磷酸腺苷）是所有生物体中普遍存在的能量分子，其含量可反映微生物或其他生物体的数量。ATP拭子含有可以裂解细胞膜的试剂，能将细胞内ATP释放出来，与试剂中含有的特异性酶发生反应，产生光， 荧光强度与ATP含量成正比，因此通过检测荧光强度，可以间接判断样品中微生物或其他生物残留的量。
纯净水微生物检测仪检测精度高，只需不到一分钟就可以快速检出样品细菌含量，其可操作性强，使用简便，能够满足绝大多数场景检测准确度要求和成本要求。
除了水质细菌检测之外，ATP荧光检测方法还可用于其他领域如：
食品安全检测：ATP荧光检测仪广泛应用于食品生产和加工行业，用于快速检测食品表面、生产设备、工作台面等处的微生物污染程度，判断清洁度是否达标。
医疗卫生：在医院、诊所等环境中，ATP荧光检测仪用于检测医疗器械、病房、手术室等清洁度，确保医疗环境的卫生安全。
公共卫生：在公共场所、酒店、餐饮、学校等地，用于环境卫生的快速筛查，评估清洁消毒效果。
环境监测：在土壤等环境样本中，用于快速评估微生物污染水平。
实验室及科研：在生物实验室内用于快速检测微生物生长状况，以及在环境微生物学、生物工程等领域中也有应用。
