（1）装卸，更换色谱柱时，其运动应轻巧，并且接头应适当拧紧。必须避免强烈的机械振动，以免在柱床中产生空隙。
（2）如果将仪器用于常规分析并且样品类型有限，但分析数量很多，则可能希望为每种常规分析配置一个列，这将有助于延长使用寿命列的。
（3）避免压力和温度的突然变化以及任何机械振动。
温度突然变化或色谱柱从高处掉落会影响色谱柱的填充条件；色谱柱压力的突然升高或降低也会冲击色谱柱中的填料，因此在调节流速时应缓慢进行。在进样过程中，请勿将阀门旋转太慢。
（4）溶剂的组成应逐渐改变，尤其是在反相色谱法中，不应将其从有机溶剂直接改变为所有水，反之亦然。
（5）当使用色谱柱温度控制装置时，应注意的是，只有在流动相通过后才能升高温度。
（6）一般来说，默克色谱柱不能反吹。仅当制造商指示可以反吹色谱柱时，反吹才能清除残留在色谱柱头上的杂质。否则，反冲会迅速降低色谱柱效率。
（7）选择适当的流动相，避免损坏固定相。有时可以在采样器的前面连接一个预柱。当分析柱是键合硅胶时，预柱是硅胶，因此在进入分析柱之前，流动相可以用硅胶“饱和”，以防止分析柱中的二氧化硅基质溶解。
（8）避免将具有复杂基质的样品（尤其是生物样品）直接注入色谱柱中。必须对样品进行预处理或在进样器和色谱柱之间连接保护柱。保护柱通常是填充有相似固定相的短柱，保护柱可以并且应该经常更换。
（9）经常用强溶剂冲洗色谱柱，以除去残留在色谱柱中的杂质。清洁时，应使用可混溶的溶剂替换流路系统中的流动相。逐渐地，每个流动相的体积应约为色谱柱体积的20倍，也就是说，常规分析需要50-75mL。
（10）存放色谱柱时，用乙腈或甲醇填充色谱柱，并拧紧色谱柱接头，以防止溶剂蒸发和干燥。不要将缓冲溶液在柱子中放置过夜或更长时间。
（11）在使用过程中，如果压力升高，则可能是烧结过滤器堵塞。此时，应更换过滤器或将其取出进行清洁。二是大分子进入色谱柱，导致色谱柱头被污染。如果降低柱效或色谱峰变形，则柱头可能塌陷，死体积增加。
（12）完成分离和分析后，不应立即关闭色谱分析系统，并应及时冲洗色谱分析系统，通常要超过0.5h，以除去色谱柱中的杂质。
