菌种用于发酵过程作为活细胞催化剂的微生物，包括细菌、放线菌、酵母菌和霉菌四大类。来源于自然界大量的微生物，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。
菌落直径为1-2mm，圆形，边缘整齐，不透明，正面黄色，浅色，中间凸起，表面光滑，表面明亮，质地湿润，易挑起，不产色素，G－（红），杆菌，纯度：纯。
筛选：
工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。
分离：
首先是从土壤或腐生植物中收集含菌样品，用无菌水稀释后，涂布于置有适宜细菌、放线菌或霉菌生长的琼脂培养基平皿上，并将其倒置于恒温箱中，培养一定时间，平皿上长出的许多单个菌落（单一微生物的集落）经分别分离后即为各种纯种菌株，简称纯种，移种至试管斜面培养基上，置4℃冰箱备用。
操作步骤：
①准备2个平板；
②安全柜中打开，用酒精灯灼烧顶部，后迅速滴上无菌水使之破裂，随后用镊子将其敲碎；
③吸取0.5mL无菌水打入冻干管，充分，混匀；
④吸取0.2mL菌悬液打入平板中，涂布均匀，重复两次获得两个平板；
⑤将平板全部置于上述培养条件下培养，菌种长出即可使用。
