安捷伦1260液相色谱仪的运行环境要求是为了仪器的正常合理运转及其保养，应该将仪器放置在平稳固定的台面上，要求台面无振动，周围磁场。“要保持干净无灰尘，仪器工作的温度大致范围要求是在15～30℃，周边空气的相对湿度在30%～80%之间”。另外，因为流动相大多数是有机溶剂，我们还要保持室内有一些排风扇等通风换气的设施设备。
首先检查检测使用的流动相以及色谱柱是否准确无误，然后再打开仪器的稳压电源，而后再开输液泵、柱箱。设置好色谱柱的大保护柱压，进行排气工作，并要确保流路时不会有气泡。这是因为气泡会扩大基线的噪声率，造成安捷伦1260液相色谱仪灵敏度不断下降，如果有气泡，气泡里的氧气还会氧化仪器组件，影响机器的性能指标。而关于流速切不可操之过急，我们应该从小到大一点点地加速，这样是为了更好地保护色谱柱。与此同时，还要注意仔细观察，观察柱压与流速能否保持相对应的平稳和合理增加，待到流速已经达到所需要的流速并终让柱压稳定之后，然后再让检测器工作，这样有利于延长检测器的使用寿命。
由于临床上的样本多为较为复杂的混合物，而这些填料都是很细小的，并且色谱柱的内腔容积非常小，这就会导致堵塞现象。同样，溶液里的细小微粒也会加大进样阀、泵头内的蓝宝石活塞杆和活塞的堵塞和磨损概率。安捷伦1260液相色谱仪用缓冲盐的时候，缓冲盐溶液会产生高压析盐情况，会产生一些小的盐粒，这些盐粒会附着在活塞杆上，并会随着活塞杆运动，这就很容易使仪器产生划痕现象，磨损仪器中的密封垫，从而产生漏液等问题。使用梯度比例阀时，当盐溶液与有机溶剂溶液混合时，盐溶液能够实现与有机溶液有效重新融合并不会出现沉淀现象。假如在比例阀的混合点上，由于重力的因素使盐颗粒慢慢沉淀下来，通常阀A接水相盐溶液，D接有机溶剂，此连接法可有效使盐回落到盐溶液中并被溶解。但是，假若把这个连接法颠倒过来，这些盐可能落在有机溶剂之中，从而容易出现问题。因此，当使用缓冲盐溶液和有机溶剂时，建议要将缓冲盐的通道接在A通道上，而将有机溶液的通道直接接在D通道上。
实验完成后，要把色谱柱冲洗干净。首先要去完成的就是关掉检测器，之所以要这样做是为了节约光源，保证仪器灯的有效使用年限。另外，还要切断色谱柱与检测器的连接程序，之所以这样是为了防止污染检测池。用流动相冲洗流路30多min，然后再用15%的甲醇水洗10min左右，后再用纯甲醇冲30min左右，并用一些纯化水同时冲外流路等地方。输液泵的流速应慢速减小到0时，才可关闭泵和稳压器。“反相系统用90%～95%有机相+10%～5%水相封存反相色谱柱”，两端封死。如长时间存放可将柱子*浸泡在有机相内，以防用纯有机相封存反相色谱柱，如果长期保存有机相会挥发。
