三磷酸腺苷（ATP）存在于所有有机物中，是所有活细胞中能量来源的供体。ATP产生于所有生命系统的代谢过程中，因此大多数食物和微生物细胞中都含有一定水平的ATP。ATP荧光检测仪（配套ATP检测拭子）采用生物发光技术检测残留的ATP，并以此作为表面清洁度的一个指标。若表面检出较高含量的ATP说明清洁不当，有包括食品残留、过敏原和/或细菌等污染物存在。这意味着该表面有潜在滋生细菌的可能。
ATP荧光仪显示的度数单位为RLU值，但它不能区分不能分辨其显示的RLU读数是微生物体内的ATP检测值还是残留物中的ATP检测值，或者是两者的结合。所以不能直接将RLU读数与标准平板CFU计数换算。但是，ATP水平与微生物数目有着密切的相关性。
根据经验汇总如下：
>ATP与平板计数CFU的相关性为60－90％，但不会达到100％；
>没有统计上的显著差异；
>ATP与CFU间的相关性表明ATP的监控可对表面/机器是否达到运转所要求的洁净度做出快速判断；
>ATP检测可作为抽检和初筛手段，结果可疑环节可进一步采样进行标准平板计数验证。这样能够节省大量的时间进行生产切换。
