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肽是怎么合成的?

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2024/8/6 13:49:30

在有机化学中,肽合成是肽的产生,肽是其中多个氨基酸通过肽键(也称为酰胺键)结合的有机化合物。

内容

 

1.化学
2.液相合成
3.固相合成
3.1.中国银行SPPS
3.2.Fmoc SPPS
4.固体支持物
4.1.聚苯乙烯树脂
4.2.聚酰胺树脂
5.保护团体
5.1.Fmoc保护基团
5.2.Boc保护基团
5.3.苄氧羰基(Z)基团
5.4.Alloc保护基团
5.5.平版保护基团
6.激活组
6.1.碳化二亚胺
6.2.芳香肟
7.合成长肽
8.固相肽合成的一个例子
9.参考

1.化学

 

肽是通过将一个氨基酸的羧基或C端偶联到另一个氨基酸的氨基或N端而合成的。

2.液相合成

 

液相肽合成是肽合成的经典方法。在大多数实验室中,它已被固相合成所取代(见下文)。然而,它在用于工业目的的肽的大规模生产中仍然有用。

3.固相合成

 

Merrifield固相肽合成(SPPS)导致了肽合成领域的范式转变。这是目前实验室以合成方式制造肽和蛋白质的方法。SPPS允许合成难以在细菌中表达的天然肽、掺入非天然氨基酸、肽/蛋白质骨架修饰以及合成由D-氨基酸组成的D-蛋白质。


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                       固相肽合成(SPPS)原理

小珠子用接头处理,在接头上可以构建肽链。合成珠将保持与肽的强结合,直到被试剂裂解。珠子创造了一种合成环境,在这种环境中,产生的肽链不会通过过滤材料,而用于产生肽链的试剂会通过。

 

重点考虑在每一步中产生高的产量。例如,如果每个步骤具有99%的产率,26个氨基酸的肽将以77%的最终产率合成,如果每个步骤是95%,它将以25%的产率合成。因此,每一种氨基酸都是以大大过量(2 ~ 10倍)添加的,并且通过一系列充分表征的试剂将氨基酸偶联在一起是高度优化的

 

有两种主要的SPPS形式——Fmoc和Boc。与核糖体蛋白质合成不同,固相肽合成以C-末端到N-末端的方式进行。氨基酸单体的N-末端被这两个基团保护,并被加到去保护的氨基酸链上。

 

自动合成器可用于这两种技术,尽管许多研究小组继续手动执行spp。

 

SPPS受到产量的限制,通常70~100个氨基酸范围内的肽和蛋白质正在推动合成可及性的极限。合成难度也依赖于序列;典型的淀粉样肽和蛋白质很难制造。通过使用天然化学连接将两个肽偶联在一起,可以获得更长的长度,并具有定量的产量。

3.1.中国银行SPPS

 

当R. B. Merrifield在1963年发明SPPS时,它是根据tBoc方法。t-Boc(或Boc)代表叔丁氧羰基。为了从生长的肽链上去除Boc,使用酸性条件(通常是纯TFA)。在合成结束时,通过在氢氟酸中孵育(这可能是危险的),从树脂中除去侧链保护基团和肽;由于这个原因,Boc化学通常不受欢迎。然而,对于复杂的合成,Boc是有利的。当合成对碱基敏感的非天然肽类似物(如depsi肽)时,Boc是必需的。

3.2.Fmoc SPPS

 

4.固体支持物                        

 

固相支持物的物理性质及其可用于的应用,随着构建支持物的材料、交联的量以及所用的接头和手柄而变化。

4.1.聚苯乙烯树脂

 

这是一种多功能树脂,由于其在DCM中的溶胀最小,因此在多孔自动化肽合成中非常有用。

4.2.聚酰胺树脂

 

这也是一种有用和多用途的树脂。它似乎比聚苯乙烯膨胀得多,在这种情况下,如果孔太小,它可能不适合一些自动合成器。

5.保护团体

 

由于在每个合成步骤中使用过量的氨基酸来确保偶联,在每个氨基酸未被保护的反应中,氨基酸的聚合是常见的。为了防止这种聚合,使用了保护基团。这给合成反应增加了额外的去保护阶段,产生了如下的重复设计流程:

 

• 在去保护反应中,保护基团从尾部氨基酸中被除去

• 洗去脱保护试剂以提供清洁的偶联环境

• 溶解在溶剂如二甲基甲酰胺(DMF)中的受保护的氨基酸与偶联剂混合,泵送通过合成柱

• 洗去偶联试剂以提供干净的去保护环境

 

目前,固相肽合成中通常使用两种保护基团(Fmoc,Boc)。它们的不稳定性是由氨基甲酸酯基团引起的,氨基甲酸酯基团容易释放CO2用于不可逆的解偶联步骤。

5.1.Fmoc保护基团

 

Fmoc(9-芴基甲基氨基甲酸酯)是目前广泛使用的保护基团,其通常在从氨基酸单元重复合成肽的过程中从肽的N末端除去。Fmoc的优点是它在非常温和的碱性条件下(例如哌啶)被裂解,但在酸性条件下稳定。这使得在碱性条件下稳定的温和的酸不稳定保护基团,例如Boc和苄基,被用于目标肽的氨基酸残基的侧链上。这种正交保护基策略在有机合成领域很常见。

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5.2.Boc保护基团

 

在Fmoc基团流行之前,Boc基团通常用于保护肽的末端胺,需要在正交策略中使用更多酸稳定的基团用于侧链保护。它保留了在合成过程中减少肽聚集的作用。Boc基团可以用boc酸酐和合适的碱加成到氨基酸上。

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5.3.苄氧羰基(Z)基团

 

另一种基于氨基甲酸酯的基团是苄氧羰基(Z)基团。它在更苛刻的条件下被去除:溴化氢/乙酸或催化氢化。今天,它几乎用于侧链保护。

5.4.Alloc保护基团

 

当需要邻位去保护方案时,烯丙氧基羰基(alloc)保护基团通常用于保护羧酸、羟基或氨基。有时在进行树脂上环肽形成时使用,其中肽通过侧链官能团与树脂连接。可以使用四(三苯基膦)钯(0)以及氯仿、乙酸和N-甲基吗啉(NMM)的37∶2∶1混合物2小时来除去alloc基团。然后,必须用0.5 % DIPEA的DMF溶液、3×10ml 0.5%二乙基硫代氨基甲酸钠的DMF溶液以及5×10ml 1:1 DCM:DMF溶液仔细清洗树脂。

5.5.平版保护基团

 

对于特殊应用,如蛋白质微阵列,使用平版印刷保护基团。这些基团可以通过曝光去除。

6.激活组

 

为了偶联肽,羧基通常被活化。这对加速反应很重要。有两种主要类型的活化基团:碳二亚胺和芳香肟。

6.1.碳化二亚胺

 

这些活化剂最初是被开发出来的。最常见的是二环己基碳二亚胺(DCC)和二异丙基碳二亚胺(DIC)。与羧酸反应生成高活性的O-酰基脲。在人工蛋白质合成过程中(如Fmoc固态合成仪),C末端通常用作氨基酸单体添加的附着位点。为了增强羧酸基团的亲电性,带负电荷的氧必须首先被“活化”成更好的离去基团。DCC用于此目的。带负电荷的氧将充当亲核试剂,攻击DCC中的中心碳。DCC暂时连接到以前的羧酸酯基团(现在是酯基团),使得氨基(在连接的氨基酸上)对以前的C-末端(碳酰基)的亲核攻击更有效。碳二亚胺的问题是它们反应性太强,因此会导致氨基酸的外消旋化。

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6.2.芳香肟

 

为了解决外消旋化的问题,引入了芳香肟。最重要的是1-羟基-苯并三唑(HOBt)和1-羟基-7-氮杂-苯并三唑(HOAt)。


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其他的已经开发出来了。这些物质可以与O-酰基脲反应生成活性酯,该活性酯的活性较低,外消旋化的危险也较小。由于邻群效应,HOAt特别有利。[1]


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最新的发展省略了碳二亚胺。活性酯作为非亲核阴离子(四氟硼酸盐或六氟磷酸盐)的脲盐或鏻盐引入:HBTU、HATU、PyBOP。

7.合成长肽

 

逐步延伸,其中氨基酸逐步依次连接,对于含有2至100个氨基酸残基的小肽是理想的。另一种方法是片段缩合,其中肽片段被偶联。虽然前者可以延长肽链而不发生外消旋化,但如果仅用于产生长肽或高极性肽,产量会下降。对于合成复杂的长肽来说,片段缩合比逐步延伸更好,但是为了防止外消旋化,必须限制它的使用。片段缩合也是不希望的,因为偶联的片段必须大大过量,这可能是一个取决于片段长度的限制。

 

产生更长肽链的一个新进展是化学连接:未保护的肽链在水溶液中发生化学选择性反应。第一个动力学控制的产物重排形成酰胺键。最常见的天然化学连接形式使用与末端半胱氨酸残基反应的肽硫酯。

8.固相肽合成的一个例子

 

以下是使用碱不稳定的9-芴基甲氧基羰基(Fmoc)保护基团在聚酰胺或聚苯乙烯树脂上合成肽的合成步骤的概述。使用下面概述的技术,将获得在N-末端用乙酰基封端,在C-末端用伯酰胺(CONH2)封端的肽。

 

为手动肽合成设置玻璃器皿

 

手动肽合成可以在具有三通阀的烧结过滤器反应容器中完成,该三通阀通过1孔塞子安装在1 L侧臂真空烧瓶上。一个阀门用于充入氮气,氮气首先通过一个小的Drierite柱,然后进入反应混合物以搅拌溶液和混合试剂。另一个阀门用于排空过量的反应溶液,并使用真空瓶洗涤溶剂。用于固相合成的所有玻璃片应在使用前用硅烷化试剂(如DCM中的1-5%二甲基二氯硅烷)处理,以避免静电荷的积累,静电荷的积累会使树脂很难处理。

 

聚酰胺树脂的制备

 

聚酰胺(PL-DMA)树脂(1g)用乙二胺(40 ml)在50 ml Falcon管中在摇床上处理过夜,然后过滤,用5×10ml 1:1二甲基甲酰胺(DMF):二氯甲烷(DCM)溶液、5×10ml 1:1 DCM洗涤,并使用苯并三唑-1-基-氧基三吡咯烷六氟磷酸盐(PyBOP) (3 eq)、1-羟基苯并三唑水合物(HOBt) (3 eq)和二异丙基乙胺(DIPEA)装载Fmoc-Rink然后可以在真空下干燥,并储存在-15摄氏度,直到需要。

 

在合成前和合成过程中处理树脂

 

树脂首先在10毫升1∶1 DCM∶DMF中溶胀15分钟,然后沥干。每次完成氨基酸偶联后,还用5×10ml 1:1 DCM和DMF洗涤树脂。

 

Fmoc-去保护

每次氨基酸偶联后,用2×10ml 20%哌啶的DMF溶液进行Fmoc去保护,每次处理用N2搅拌10分钟。然后用5×10毫升DMF洗涤树脂,接着用5×10毫升1:1 DCM:DMF洗涤。

 

添加氨基酸

 

为了在Fmoc-聚酰胺-Rink树脂上开始肽合成,通过用哌啶处理树脂来除去Fmoc基团。然后使用在1∶1 DCM∶DMF中的PyBOP (3 eq)、HOBt (3 eq)和DIPEA (6 eq)将第一个氨基酸偶联至树脂的Fmoc-去保护的N-末端胺,或之前偶联的氨基酸,直到树脂对茚三酮呈阴性。

 

监测氨基酸偶联的进展

 

氨基酸偶联的过程可以用茚三酮或对氯醌来跟踪。茚三酮溶液在游离伯胺的存在下变成深蓝色(阳性结果),但在其他情况下是无色的(阴性结果)。如果使用乙醛作为溶剂,在伯胺的存在下,或者如果使用丙酮,在仲胺的存在下,对-氯醌溶液将使树脂珠变成深黑色或蓝色;否则珠子保持无色或淡黄色。(测试概述如下)

 

茚三酮测试(1)

 

向微量离心管中加入2滴40%苯酚的乙醇溶液、2滴0.014 M KCN的吡啶溶液和4滴5%茚三酮的乙醇溶液,以及抹刀一端大小的树脂样品,然后涡旋混合物,并在100°c下加热5分钟

 

用氯醌测试(2)

 

向微量离心管中加入5滴丙酮或乙醛、5滴对氯醌的甲苯饱和溶液,以及小刮刀一端大小的树脂样品,然后涡旋混合物,并在室温下静置5分钟。丙酮用于检测仲胺,乙醛用于检测伯胺。

 

持续肽延伸

 

一旦氨基酸的偶联完成,就洗涤树脂,用哌啶去保护Fmoc基团,并再次洗涤树脂,为下一次偶联做准备。重复这一过程,直到添加完所有必需的氨基酸。

 

乙酰化N-末端

 

肽序列完成后,可以用2ml 1:1乙酸酐和三乙胺在10ml 1:1 DCM:DMF中乙酰化N-末端胺1小时或直到茚三酮阴性,然后用5×10ml 1:1 DCM:DMF洗涤树脂,然后将肽从树脂上切下。如果需要,N-末端也可以作为游离胺留下。

 

从树脂上切割肽

 

用3×10ml 96∶2∶2的TFA、三异丙基硅烷(TIPS)和水(H2O)处理树脂,每次处理10分钟,然后过滤掉树脂,将合并的滤液静置1小时,以确保除去酸不稳定的保护基团。

 

从树脂上切割后肽的处理

 

将TFA在旋转蒸发器上蒸发至干(或重油或玻璃,如果它不凝固的话),随后向烧瓶中加入5 ml*醚以沉淀肽,并除去大部分副产物。将肽和乙*的悬浮混合物加入到50 ml Falcon管中,并以3000 rpm的速度旋转10-20分钟(IEC离心机),直到可以倒出乙*而不损失任何肽。加入更多的后,通过涡旋使肽重新悬浮。再次离心混合物,倒出,洗涤过程重复两次以上。最后,产品可以在脱粘器中的Falcon管中风干过夜。

通常使用制备型HPLC来纯化最终产物。获得质谱数据以确保获得目标肽。



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