选择适合的灭菌器需要考虑以下几个因素：
一、灭菌物品的性质
1、对于耐高温、不耐湿的物品，如玻璃器皿、金属器械，干烤灭菌器比较合适；如果是怕干热、耐高温且耐湿的物品，如培养基、手术器械、敷料等，可选择高压蒸汽灭菌器。
2、若是不耐高温的物品，如某些塑料制品、橡胶制品，这两种灭菌器可能都不适用，需要考虑其他低温灭菌方法。
二、灭菌要求
要求灭菌后物品保持干燥的情况，干烤灭菌器是较好的选择。如果对灭菌速度有较高要求，在物品适用的前提下，高压蒸汽灭菌器相对更快。
三、操作简便性
干烤灭菌器操作相对简单，通常设置好温度和时间即可。高压蒸汽灭菌器的操作要考虑更多因素，如加水、正确包装防止受潮等，但很多高压蒸汽灭菌器有自动控制程序，也比较方便。
四、灭菌成本
干烤灭菌器主要消耗电能用于加热，成本相对容易计算。高压蒸汽灭菌器除了用电外，还需要用水，并且可能需要消耗配套的包装材料等，要综合考虑成本。
