在微生物的分离与培养过程中，样本来源往往多种多样，可能是土壤、水体、动植物组织等复杂环境。当从这些样本中分离微生物时，拍打式均质器可以将样本充分打散，使微生物从其附着的基质中释放出来，并均匀分布在培养基中。例如，从土壤中分离放线菌时，土壤颗粒会包裹着放线菌，通过均质器的处理，可以打破这种束缚，增加放线菌与培养基的接触机会，提高分离效率。而且，在制备微生物的混合培养物时，均质器可以确保不同种类的微生物均匀分布，便于研究微生物之间的相互作用，如共生、竞争关系等。
在微生物的生理生化研究方面，拍打式均质器也有着重要意义。当研究微生物对特定底物的利用能力时，需要将底物与微生物细胞均匀混合。例如，在研究酵母菌对糖类的发酵能力时，通过均质器将糖类溶液和酵母菌细胞充分混合，能够保证每个酵母菌细胞都有相同的底物供应条件，从而准确地研究其发酵速率、代谢产物等生理生化指标。对于微生物酶活性的研究，均质器可以将含有酶的微生物细胞破碎，使酶释放出来并均匀分散在反应体系中，便于检测酶的活性和特性。
