分子互作研究

ChIP技术

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一种分子生物学技术，用于研究蛋白质与DNA的相互作用。利用已知蛋白的特异性抗体，将与蛋白相互作用的DNA从复合物中分离出来，常见用于确定特定转录因子或其他染色质结合蛋白在基因组上的结合位点，以及这些蛋白如何调控基因表达。

案例分享：

Interleukin-34-orchestrated tumor-associated macrophage reprogramming is required for tumor immune escape driven by p53 inactivation

Immunity. 2024 Oct 8;57(10):2344-2361.e7. doi: 10.1016/j.immuni.2024.08.015. Epub 2024 Sep 24. PMID: 39321806 IF=25.5

为了确定p53是否结合IL-34的调控区域，使用p53抗体进行了染色质免疫沉淀(ChIP)，随后进行了高通量测序。在IL34和CDKN1A(p21)位点观察到p53的结合（图K）。ChIP-PCR和也揭示了p53与IL34启动子的结合（图L）。

DNA pull down

DNA pull-down是一种分子生物学技术，用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用。该技术针对目标区域设计特异性DNA探针并经过脱硫生物素标记，标记后探针可以和偶联在磁珠上的链霉亲和素亲和结合，再与总蛋白提取物进行孵育，有互作的蛋白质可以和DNA探针特异性结合，形成磁珠-DNA探针-蛋白复合物，洗涤去除非特异性结合的蛋白质，再经过洗脱得到目的DNA探针－蛋白质复合物，最后通过Western Blot或质谱(MS)鉴定蛋白质类型，这种方法常用于识别转录因子、DNA修复蛋白或其他与DNA结合的蛋白质。

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DNA pulldown后WB显示对照组和实验组之间有差异条带

RIP技术

RIP技术（RNA Binding Protein lmmunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀），是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具。该技术主要是运用目标蛋白的特异性抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化对结合在复合物上的RNA进行q-PCR验证或高通量测序分析。

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RIP后WB,结果显示absin与进口产品效果相当，与IgG组存在差异条带

RNA pull down

RNA pull-down是研究RNA与蛋白结合情况的技术。先将RNA进行标记（如生物素标记），再与细胞裂解液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复合物，进而检测与之结合的蛋白质。复合物洗脱后，通过Western blot(pull down-WB)实验和质谱(pull down­-MS)技术检测目标RNA是否与某些蛋白相互作用。

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pulldown后银染及富集效果检测qPCR

CoIP

免疫(共)沉淀(IP/CoIP)是基于抗体和蛋白的特异性亲和作用，通过捕获与蛋白或抗原特异性结合的抗体，进而从复杂的样品中捕获及富集目标蛋白，同时可以测定与之相互作用的蛋白或其它生物大分子。

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Targeted knockdown of PGAM5 in synovial macrophages efficiently alleviates osteoarthritis

Bone Res. 2024 Mar 4;12(1):15. doi: 10.1038/s41413-024-00318-8.PMID: 38433252 IF=12.7

DVL2和PGAM5在M1和M2巨噬细胞中的免疫共沉淀(abs955)

GST Pull Down

GST Pull-Down实验基于GST(glutathione-S-transferase)，即⾕胱⽢肽-S-转移酶蛋⽩，可以与⾕胱⽢肽(Glutathione，GSH)结合，将GSH固定于磁珠上，形成GSH-磁珠，将已知蛋⽩X与GST融合表达，获得的GST-X蛋⽩可与GSH-磁珠结合，若体系中存在与X蛋⽩互做的蛋⽩Y，则会形成“磁珠-GSH-GST-X-Y”复合物，与X蛋⽩互做的蛋⽩即可被分离并检测。

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