蛋白质组（Pro-teome）一词， 源于蛋白质（Prome）与基因组（genotme）两个词的杂合，意思是指一种 基因或一种生物、一个细胞（组织）所表达的全套蛋白质。
通俗地说，就是蛋白质是基因功能的执行者。因此，对蛋白质结构、定位和对蛋白质与蛋白质之间相互作用的研究将为阐明生命现象的本质提供直接的基础。所以人们在研究基因、单基因组之后感觉到，不研究蛋白质和蛋白质组，不可能揭示与阐述基因的功能，更多地去发现疾病的诊断标志、预防标志以及药物筛选的靶标和疾病治疗的靶标。
开展蛋白质组研究工作是科学界延续了数十年的一个梦想，因为人类的大多数疾病是由于蛋白质异常造成的。二维电泳、新型质谱技术及各种先进的信息和网络技术为科学家掌握蛋白质表达规律提供了有力支撑，在人类基因组研究实现划时代飞跃的时代的今天，蛋白质组学便被推上了前台。当然蛋白质组要比基因组复杂的多。基因组图只有一张而蛋白质组图要每个器官就有一张，工作更艰巨、更复杂。
