产品标题：HFF细胞株
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lncRNA 的研究已经在世界范围内变得越爱越热门，通过这些年的研究，lncRNA的机制研究也形成了一定的套路：
1）高通量分析lncRNA的表达；
2）验证高通量筛选后的结果；
3）研究lncRNA与蛋白之间的相互作用。
接下来的文章中，慧颖生物会和大家一起讨论lncRNA机制研究中常用的方法，欢迎小伙伴们积极参与讨论。
（一）高通量分析lncRNA 的表达
随着lncRNA研究的不断深入，现在已经有了很多很成熟的lncRNA芯片产品，可供选择。另外二代测序的兴起，也使得RNA-seq成为分析lncRNA表达谱的有效手段。当然从费用的角度讲，lncRNA 的芯片更便宜，二代测序RNA-seq的成本更高。不过土豪请随意！
应用lncRNA芯片或者RNA-seq进行lncRNA表达谱分析的研究已经有了很多。例如，Orom等人在人类的细胞系中通过lncRNA的芯片筛选，鉴定了3019条lncRNA的表达分布。另外，Ng等通过定制化的lncRNA芯片（customized microarray）研究了人胚胎干细胞（human embryonic stem cell，hESCs）内的lncRNA表达谱（expression profile）。他们发现有一些胚胎干细胞特异性的lncRNA对于维持干细胞的多能性（pluripotency）有非常重要的作用。在肿瘤研究（乳腺癌、胰腺癌、肝癌等）中，lncRNA芯片的应用也是非常地广泛。
相对于lncRNA芯片在表达谱研究方面的广泛应用，RNA-seq方法的应用领域则明显地不同。RNA-seq 主要用于研究转录组。应用该方法，获得的结果受到的干扰信号（background signal）比较低，更重要的是，通过RNA-seq有可能获得全新的转录产物（当然包括lncRNA在内，但是不局限于lncRNA。例如在肿瘤研究中，常用RNA-seq去发现新的融合基因。利用RNA-seq技术，研究人员发现某些lncRNA分子在神经精神疾病（neuropsychiatric disorder）中发挥重要作用。另有研究者通过RNA-seq技术，分析了肝细胞癌（HCC）中的整个转录组，当然也包括了lncRNA。
（二）对于高通量数据的验证
常用的验证高通量数据的实验手段有：Northern blot、qRT-PCR、FISH及RNAi 等方式。
目前zui为常用的检测lncRNA表达的手段是qRT-PCR，它的操作简单，自动化程度高，在实验室普遍使用。FISH的实验方法，使用的实验室就相对较少。FISH和Northern 类似的地方是，它同样是基于分子杂交的原理。使用FISH的一大优势是，它不仅可以表征lncRNA表达量的多少，更可以直观地告诉研究者lncRNA在亚细胞/组织中的定位。
研究者成功地使用该方法研究了多条lncRNA，包括Xist、MALAT1、MENε/β和Kcnq1ot1等。RNAi是另一种广泛使用的实验手段，在细胞中特异性地敲减lncRNA，是检测lncRNA功能时，zui常用的实验方法。例如，HOTAIR的5'区域和3'区域可以分别结合PRC2和LSD1，并起到一个脚手架（Scaffold）的作用。研究者通过RNAi的方式，敲减细胞内源性HOTAIR分子，证实了该分子在结构上的作用和功能。需要注意的是，以上的多种方法可以相互结合，以验证筛选获得的lncRNA的表达及其可能发挥的功能。
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