早期的基因组DNA甲基化分析技术，如SssI甲基转移酶分析法、氯乙醛反应法、免疫学抗体技术等，已经不能满足现代表观遗传学研究的需求。今年来常用的基因组甲基化的方法有以下两种。

1. 甲基化敏感扩增多态性实验

甲基化敏感扩增多态性实验技术被用于检测双向型真菌的DNA甲基化，它是在扩增片段长度多态性技术的基础上建立起来、基本程序是：提取高质量的基因组DNA，分别用EcoRⅠ/HpaⅡ，EcoRⅠ/MspⅠ两种酶组合对基因组DNA进行双酶切，并连上相应的限制性内切酶的接头，然后以接头序列设计的预扩增引物，进行PCR扩增。扩增产物稀释后，再加入带有选择性碱基的引物，进行第二次PCR扩增，扩增产物变性后在6%的序列胶上进行电泳，zui后采用银染或同位素放射

自显影方法处理序列胶，统计和分析DNA条带。这种方法在研究动植物基因组甲基化上有广泛应用。NSAP技术相对其他测定DNA甲基化程度的技术有如下优点：

① 不需要知道被测DNA序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知识未知的生物。

② 操作相对简便，在AFLP技术体系的基础上无需改进，即可操作。

③ 可在全基因组范围检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。

MSAPjishu的局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。

2. 液相层析及相关方法

液相层析能够定量测定基因组整体甲基化水平，其过程是：先将DNA样品经盐酸或氢氟酸水解成碱基，水解产物通过色谱柱，将结果与标准品比较，紫外光测定吸收峰值，计算5rrC/（5rrC+5C）的积分面积得出基因组整体的甲基化水平。

此法相对HPLC，更为简便、快速、经济。测定甲基化的敏感性较高。