干货 | 去哪里找现成的qPCR引物序列？
时间：2024-10-15 阅读：108
之前小翌给大家分享了如何设计qPCR引物这个实用干货(过瘾！一文搞懂qPCR引物设计，实验达人技能！)，不少小伙伴觉得挺过瘾的。但是仍有不少小伙伴表示，自己设计的引物还要做实验再验证，要是设计的引物出现问题，又得重新设计等一段时间才能开展自己的实验，有没有可以直接用的引物序列呢？毕竟物种的基因组正常情况下不会发生太大变化。
哈哈哈，又来给小翌上强度了，小翌今天针对小伙伴们的需求，给大家上干货！这一篇给大伙儿介绍如何站在巨人的肩膀上更高效地获得一些qPCR引物序列~
其实在之前的干货中，有提到一个数据库--Primerbank，它是哈佛大学的一个PCR引物数据库，包含 306,800 多种引物，涵盖大多数已知的人类和小鼠基因。通过 Real Time PCR 测试了与 27681 个小鼠基因相对应的 26855 对引物，然后对 PCR 产物进行琼脂糖凝胶电泳和测序。根据琼脂糖凝胶电泳结果，设计成功率为 82.6%（22187 对引物）。
首先在NCBI上找到目的基因的gene ID，例如，这里选用老鼠基因IL6的gene ID 16193。
Search by选择 NCBI Gene ID，Species选择Mouse，输入16193，点击Submit，即可获得相关引物。
看到这，有些小伙伴会表示，自己的研究涉及到的生物样本不是人或者老鼠，这咋办？这个方法不适合。别着急，既然国外有专门的院校和网站有引物数据库，我们国内自然也不会少！
ICG数据库是北京基因组所在生命与健康大数据中心开发的国际上实时定量PCR内参基因知识库，对经生物学实验手段鉴定出的内参基因及其应用实验实现了有效的挖掘、整合及注释。截止2023年，已收录了540个物种，766个研究中的内参基因数据。
以植物当中的拟南芥为例，我们从该数据库中可以获取相关应用的内参基因信息。
小伙伴们看到这，心想内参基因引物序列拿到了，那非内参基因对应的引物序列有没有类似便捷的数据库呢？
哈哈，有！小翌根据这个需求找到一款由国内西南大学团队开发的数据库-qPrimerDB。
qPrimerDB
该引物数据库的网络前端提供 1000 多个重要基因组（包括人类、小鼠、斑马鱼、酵母、水芹、水稻、玉米等）的基因特异性和预计算的 qPCR 引物对。qPrimerDB 提供了一个交互式且信息丰富的 Web 图形界面，用于将搜索和 BLAST 结果显示为基于表的描述和相关链接。在该数据库中，为每个基因设计了超过 1000 万对引物对。qPrimerDB 还支持批量下载最佳基因特异性 qPCR 引物对和可能的基因特异性 qPCR 引物对。因此，qPrimerDB 构成了基因表达分析的宝贵资源，将为研究人员节省宝贵的时间。
以昆虫中的果蝇为例，输入目的基因相关的CDS ID或者CDS Note，获取相关基因的序列。
当然，仍有可能出现数据库中没有需求基因引物序列的情况。这时候还是需要基于我们在做研究时看的文章或自主引物设计获取相关的引物序列，用于研究探索。
以上便是小翌给大家分享的干货了，希望对大家有所帮助~
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